- PDB-3lmd: Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from c... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmd
タイトル
Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from corynebacterium glutamicum atcc 13032
要素
Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
キーワード
TRANSFERASE / ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Isoprene biosynthesis / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報
heptaprenyl diphosphate synthase activity / heptaprenyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 36221 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 32.98 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.489 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21441
1122
3.1 %
RANDOM
Rwork
0.18357
-
-
-
obs
0.18454
34971
99.93 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK