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- PDB-3lmc: Crystal Structure of zinc-dependent peptidase from Methanocorpusc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmc
タイトルCrystal Structure of zinc-dependent peptidase from Methanocorpusculum labreanum (strain Z), Northeast Structural Genomics Consortium Target MuR16
要素Peptidase, zinc-dependent
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / MuR16 / A2SQK8
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M54, archaemetzincin, archaeal/bacterial / Peptidase M54, archaemetzincin / Peptidase family M54 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidase, zinc-dependent
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocorpusculum labreanum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Kuzin, A. / Ashok, S. / Vorobiev, S. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Ashok, S. / Vorobiev, S. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target MuR16
著者: Kuzin, A. / Ashok, S. / Vorobiev, S. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase, zinc-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6843
ポリマ－24,5621
非ポリマー1212
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.627, 60.889, 47.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-232-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidase, zinc-dependent


分子量: 24562.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocorpusculum labreanum (古細菌)
株: ATCC 43576 / DSM 4855 / Z / 遺伝子: Mlab_0438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: A2SQK8
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE AUTHORS STATE THAT AS THEY DO NOT KNOW EXACTLY WHAT KIND OF METAL IS LIGANDED BY THE CYSTEINES, ...THE AUTHORS STATE THAT AS THEY DO NOT KNOW EXACTLY WHAT KIND OF METAL IS LIGANDED BY THE CYSTEINES, THEY TESTED REFINEMENT WITH SEVERAL METAL IONS: MO, ZN, AND FE. BASED ON THE B-FACTOR OF THE LIGANDS THEY THINK IT IS FE, BUT THIS IS NOT CONCLUSIVE EVIDENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 0.1m Sodium molybdate dehydrate, 0.1M Bis-Tris propane, 12% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 0.1m Sodium molybdate dehydrate, 0.1M Bis-Tris propane, 12% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97814 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 75083 / Num. obs: 26475 / % possible obs: 78.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
PHENIX1.5_2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→29.373 Å / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1168 4.66 %
Rwork0.212 --
obs0.214 26241 74.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.471 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→29.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 2 98 1651
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3023 Å / Origin y: 26.7674 Å / Origin z: 45.3524 Å
111213212223313233
T0.0019 Å20.0053 Å20.0004 Å2-0.0148 Å20.0077 Å2--0.0116 Å2
L0.5037 °20.1995 °2-0.1569 °2-0.6993 °2-0.1085 °2--0.1817 °2
S-0.0269 Å °-0.0129 Å °-0.0031 Å °-0.0686 Å °0.0246 Å °-0.0227 Å °0.0273 Å °0.0347 Å °0.207 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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