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- PDB-3lm7: Crystal Structure of DUF1341 representative, from Yersinia entero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lm7
タイトルCrystal Structure of DUF1341 representative, from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
要素putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
キーワードLYASE / putative 4-Hydroxy-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / KDGP aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joachimiak, A. / Duke, N.E.C. / Feldmann, B. / Wu, R. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of DUF1341 representative, from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
著者: Joachimiak, A. / Duke, N.E.C. / Feldmann, B. / Wu, R.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
B: putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1165
ポリマ－53,9172
非ポリマー1993
水12,971720
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
ヘテロ分子

B: putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1165
ポリマ－53,9172
非ポリマー1993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.947, 60.453, 159.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細authors state that the biological unit is the dimer in asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase


分子量: 26958.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
株: enterocolitica 8081 / 遺伝子: YE3779 / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: A1JRF3
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.15M potassium bromide, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000 (Hampton Index #96), pH 7.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97915, 0.97942
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 / 詳細: Si (111) double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979151
20.979421
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 755369 / Num. obs: 702493 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→79.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.507 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19173 1932 5 %RANDOM
Rwork0.13498 ---
obs0.13789 36623 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→79.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3725 0 3 720 4448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.9665142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62625.425153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95615642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5481516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1561.52455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90223971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32331330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.34.51171
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 127 -
Rwork0.155 2492 -
obs--92.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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