+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lm6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Stage V sporulation protein AD (spoVAD) from Bacillus subtilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SR525 | ||||||
要素 | Stage V sporulation protein AD | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / alpha-beta protein. / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Sporulation (胞子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spore wall / sporulation resulting in formation of a cellular spore / catalytic activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Fang, F. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Fang, F. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SR525 著者: Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Fang, F. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lm6.cif.gz | 131.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3lm6.ent.gz | 108 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lm6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lm6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37529.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: BSU23410, spoVAD / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P40869 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M MES (pH 6.15) and 19% PEG1k. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 37919 / Num. obs: 37919 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 555439 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.6655 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
|