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万見
- PDB-3lm5: Crystal Structure of human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lm5
タイトルCrystal Structure of human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B) in complex with Quercetin
要素Serine/threonine-protein kinase 17B
キーワードTRANSFERASE / STK17B / serine/threonine kinase 17B / DRAK2 / DAP kinase related apoptosis-inducing protein kinase 2 / death-associated protein kinase-related 2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Apoptosis / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 17B, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Serine/threonine-protein kinase 17B, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / Serine/threonine-protein kinase 17B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Soundararajan, M. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Phillips, C. / Wang, J. / Hapka, E. / Filippakopoulos, P. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. ...Ugochukwu, E. / Soundararajan, M. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Phillips, C. / Wang, J. / Hapka, E. / Filippakopoulos, P. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / Carpenter, L. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: A Chemical Probe for Dark Kinase STK17B Derives Its Potency and High Selectivity through a Unique P-Loop Conformation.
著者: Picado, A. / Chaikuad, A. / Wells, C.I. / Shrestha, S. / Zuercher, W.J. / Pickett, J.E. / Kwarcinski, F.E. / Sinha, P. / de Silva, C.S. / Zutshi, R. / Liu, S. / Kannan, N. / Knapp, S. / ...著者: Picado, A. / Chaikuad, A. / Wells, C.I. / Shrestha, S. / Zuercher, W.J. / Pickett, J.E. / Kwarcinski, F.E. / Sinha, P. / de Silva, C.S. / Zutshi, R. / Liu, S. / Kannan, N. / Knapp, S. / Drewry, D.H. / Willson, T.M.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年1月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 17B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6292
ポリマ－37,3271
非ポリマー3021
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.380, 83.380, 115.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 17B / DAP kinase-related apoptosis-inducing protein kinase 2


分子量: 37327.086 Da / 分子数: 1 / 断片: STK17B / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DRAK2, STK17B / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2
参照: UniProt: O94768, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン


分子量: 302.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M NaCl; 0.1M BIS-TRIS pH 5.5; 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→52.49 Å / Num. obs: 18152 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.29→2.39 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.902 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.902 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EHA

3eha


解像度: 2.29→52.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 13.051 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28081 894 5.1 %RANDOM
Rwork0.20011 ---
obs0.20401 16601 91.69 %-
all-16601 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→52.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 22 118 2325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9713068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87533640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5115273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1725106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06415389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6891510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.64151368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2825550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.13372219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.7549890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.46611848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.285→2.345 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 85 -
Rwork0.265 1258 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57270.7863-0.65514.35780.98472.7887-0.06420.1465-0.0489-0.01310.09270.13170.19890.0018-0.02850.07820.0129-0.04880.075-0.01390.038429.9586-4.6301-3.3583
20.7583-1.6244-1.0573.50752.17681.9701-0.07230.0111-0.08980.20470.02150.18740.056-0.18220.05080.09620.0026-0.01890.13250.00670.067524.08238.07348.3119
33.8728-0.06590.09072.43470.45164.31290.08920.2190.102-0.15190.0458-0.1334-0.09450.1376-0.13510.05340.030.01960.0662-0.03950.087118.075324.78516.2447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3A184 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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