PDB-3lm2: Crystal structure of Putative kinase. (17743352) from AGROBACTERI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lm2

タイトル

Crystal structure of Putative kinase. (17743352) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS str. C58 (Dupont) at 1.70 A resolution

要素

Putative kinase

キーワード

TRANSFERASE / Putative kinase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Polyphosphate glucokinase

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative kinase. (17743352) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS str. C58 (Dupont) at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3lm2.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lm2_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lm2_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
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CIF形式データ	3lm2_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lm2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5zwl-d 5hq8-2 3lm8-5 1r76-d 6x1g-2 3ru0-1 2pmv-1 6n67-d 2bcv-d 2ems-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 394250

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative kinase

B: Putative kinase

ヘテロ分子

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.907, 49.598, 57.328
Angle α, β, γ (deg.)	97.980, 104.640, 109.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative kinase 分子量: 25141.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: 17743352, AGR_L_95, Atu4836 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A9CH74
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.46 % 解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 20.0000% polyethylene glycol 3350, 0.2000M calcium acetate, No Buffer pH 7.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.96109,0.97949,0.97936

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96109	1
2	0.97949	1
3	0.97936	1

反射

解像度: 1.7→29.13 Å / Num. obs: 48619 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 25.125 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.16

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	0.151	2.1	8968	7931	1	77.9
1.76-1.83	0.114	2.8	9596	8477	1	83.4
1.83-1.91	0.096	3.6	9530	8461	1	84
1.91-2.02	0.084	4.6	10563	9466	1	84.9
2.02-2.14	0.07	5.6	9258	8354	1	85.8
2.14-2.31	0.067	6.4	10050	9141	1	86.2
2.31-2.54	0.061	7.6	9704	8914	1	87.6
2.54-2.9	0.056	8.5	9672	8961	1	88.7
2.9-3.66	0.054	9.5	9938	9371	1	89.7
3.66-29.13	0.051	10	9494	9136	1	88.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU B: 4.947 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.095
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	2471	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.161	48619	94.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.7 Å² / B_iso mean: 18.481 Å² / B_iso min: 3.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	2 Å²	0.41 Å²
2-	-	3.65 Å²	1.28 Å²
3-	-	-	-0.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3358	0	8	380	3746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.967	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	6035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.576	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.628	24.424	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.484	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.399	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.827	1.5	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.239	1.5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.43	2	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.243	3	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.591	4.5	1243

LS精密化シェル

解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	173	-
R_work	0.224	3139	-
all	-	3312	-
obs	-	-	87.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.6182	10.947	3.5567	38.105	11.5928	22.7813	-0.1589	0.0436	-2.4265	-1.0065	-0.4695	-0.2534	2.7311	0.084	0.6284	0.7236	0.0917	0.0007	0.1551	0.035	0.6318	11.138	13.086	59.363
2	4.5691	1.5039	-1.621	5.0665	-1.5725	1.7539	0.2874	-0.8066	0.2752	0.4435	-0.1665	0.1205	-0.4174	0.1582	-0.1209	0.2305	-0.0503	-0.0038	0.178	-0.0681	0.1119	10.709	32.836	61.515
3	2.6419	0.7127	-0.336	1.3163	-0.4732	1.6912	0.0667	-0.21	0.0613	0.0549	-0.0777	-0.1429	-0.1414	0.1361	0.011	0.1521	-0.0057	-0.0103	0.0403	-0.006	0.1569	15.45	32.136	51.421
4	6.3483	0.3292	1.2223	3.1491	-1.4731	5.0693	-0.035	0.0247	0.4219	-0.0774	-0.0302	0.0626	-0.4171	0.1212	0.0652	0.1577	-0.0285	0.0011	0.051	0.0168	0.1862	16.688	37.047	45.374
5	4.0558	0.8349	0.3223	0.9207	-0.2539	1.3998	0.0766	-0.3508	-0.1156	-0.0108	-0.0801	0.0306	0.052	-0.0135	0.0035	0.1615	-0.0097	-0.0094	0.0352	-0.0141	0.1438	2.223	26.423	49.965
6	5.2047	-1.712	-0.3976	5.4085	-0.4954	2.0256	0.0363	0.0242	1.2497	0.2856	0.0402	-0.3474	-0.4695	-0.095	-0.0765	0.2503	0.0226	-0.0127	0.0096	-0.0182	0.4129	-6.415	43.446	42.913
7	3.0039	-0.7042	-0.0914	2.8994	-0.7405	3.2462	-0.0192	-0.0944	0.341	0.1008	0.0765	0.1199	-0.4731	-0.551	-0.0573	0.1972	0.0671	0.0033	0.1056	-0.0345	0.2239	-13.748	36.655	46.371
8	45.3197	-3.5173	33.6799	0.2836	-2.9336	35.8817	-2.4669	-1.0227	1.8129	0.2206	0.1651	-0.1827	-1.7841	-0.4448	2.3018	1.3723	0.346	0.0828	0.3884	-0.3004	1.0486	-7.316	41.289	57.307
9	9.717	-1.9751	2.2418	1.426	-1.1665	1.0752	-0.1218	-0.852	0.2241	0.1976	0.0751	0.0343	-0.0657	-0.2002	0.0467	0.232	-0.0228	0.0121	0.2553	-0.0722	0.1872	-6.132	29.515	57.233
10	10.7388	-0.2471	5.5281	3.1949	1.0672	3.2949	0.5638	-0.3387	-0.983	-0.069	-0.0231	0.0179	0.2957	-0.184	-0.5407	0.4531	-0.0826	-0.1734	0.0654	0.0764	0.3986	4.443	16.407	52.688
11	15.4748	3.4432	1.0999	20.6234	0.764	1.924	0.1456	0.5102	-1.6669	0.8069	-0.0204	-0.1083	0.6676	-0.3051	-0.1253	0.3257	-0.081	0.0035	0.1439	-0.1244	0.3172	-8.752	7.65	25.521
12	2.6501	-0.8341	-0.0118	6.7956	-0.8181	3.5537	0.0964	0.7351	-0.0202	-0.6007	-0.1844	-0.1851	0.2363	0.0878	0.088	0.1941	0.0068	0.0084	0.3062	-0.0482	0.0907	-7.175	18.094	15.885
13	2.0049	0.1004	0.2519	1.4372	0.1206	1.0619	0.0209	0.4261	0.0257	-0.0781	-0.0247	0.0641	0.0722	-0.1633	0.0037	0.1411	-0.0003	-0.0101	0.1676	-0.0164	0.1273	-12.3	22.807	24.491
14	2.9733	0.0253	0.0704	0.4905	-0.1164	1.0362	-0.0097	0.3211	-0.0726	-0.0019	0.0078	0.0044	0.0411	-0.0625	0.0019	0.1501	-0.005	-0.0078	0.0779	-0.0122	0.1287	-1.854	22.821	29.655
15	10.8362	2.986	-2.4448	6.548	-2.0737	5.3712	0.1695	0.1944	0.9811	0.0256	-0.0144	0.0646	-0.5458	0.4048	-0.1551	0.2533	-0.0403	0.0421	0.078	0.069	0.2265	9.479	39.851	30.496
16	7.6933	0.4513	-4.5258	4.5436	-1.2785	9.8296	0.2954	0.9357	0.9495	-0.0662	0.1501	0.1509	-0.6124	-0.9803	-0.4456	0.1439	0.0291	0.012	0.3639	0.2098	0.1996	10.014	39.111	16.859
17	2.1122	-1.2823	0.0097	4.0588	-7.421	16.8029	0.1572	0.1538	0.2438	0.1215	-0.1689	-0.1504	-0.457	0.2392	0.0117	0.1744	-0.0311	0.0094	0.176	0.0478	0.1801	17.399	33.425	25.184
18	4.4654	-1.5322	2.0324	5.4154	-3.7571	5.8745	0.0328	0.8017	0.0513	-0.5879	-0.1466	-0.189	0.1439	0.3341	0.1138	0.1834	0.0064	0.0359	0.2614	-0.003	0.1355	13.938	24.844	21.104
19	11.7316	5.2497	-0.2308	2.8416	-0.5984	0.5058	-0.2276	0.9531	-0.497	-0.1969	0.2632	-0.1758	0.1243	0.1442	-0.0356	0.1934	0.0092	0.0223	0.2349	-0.1091	0.1749	8.827	17.547	22.666
20	18.8843	10.2513	9.0612	5.5868	4.6098	8.8587	0.4357	-0.1879	-0.9808	0.2046	-0.1055	-0.5407	0.4499	0.0116	-0.3302	0.313	-0.0161	-0.0378	0.0567	0.0031	0.281	-0.757	9.784	33.596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	32 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	74 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	86 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	132 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	164 - 188
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	189 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	197 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	218 - 225
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	4 - 9
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	10 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	32 - 71
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	72 - 135
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	136 - 149
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	150 - 163
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	164 - 180
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	181 - 197
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	198 - 217
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	218 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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