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万見
- PDB-3lm1: Crystal Structure Analysis of Maclura pomifera agglutinin complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lm1
タイトルCrystal Structure Analysis of Maclura pomifera agglutinin complex with p-nitrophenyl-GalNAc
要素
  • Agglutinin alpha chain
  • Agglutinin beta-2 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Maclura pomifera agglutinin / MPA / MPA complex / (p)-nitrophenyl-GalNAc / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LEC / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-2 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Maclura pomifera (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Huang, J. / Xu, Z. / Wang, D. / Ogato, C. / Hirama, T. / Palczewski, K. / Hazen, S.L. / Lee, X. / Young, N.M.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2010
タイトル: Characterization of the secondary binding sites of Maclura pomifera agglutinin by glycan array and crystallographic analyses.
著者: Huang, J. / Xu, Z. / Wang, D. / Ogata, C.M. / Palczewski, K. / Lee, X. / Young, N.M.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-2 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-2 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-2 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-2 chain
I: Agglutinin alpha chain
J: Agglutinin beta-2 chain
K: Agglutinin alpha chain
L: Agglutinin beta-2 chain
M: Agglutinin alpha chain
N: Agglutinin beta-2 chain
O: Agglutinin alpha chain
P: Agglutinin beta-2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,47123
ポリマ－131,07516
非ポリマー2,3967
水15,835879
1
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-2 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-2 chain
I: Agglutinin alpha chain
J: Agglutinin beta-2 chain
M: Agglutinin alpha chain
N: Agglutinin beta-2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,90712
ポリマ－65,5388
非ポリマー1,3694
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11600 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
2
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-2 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-2 chain
K: Agglutinin alpha chain
L: Agglutinin beta-2 chain
O: Agglutinin alpha chain
P: Agglutinin beta-2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,56411
ポリマ－65,5388
非ポリマー1,0273
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.090, 133.290, 200.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細In one asymmetric unit, there are two agglutinin tetramers

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要素

#1: タンパク質
Agglutinin alpha chain / MPA


分子量: 14768.595 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: From the seeds of the Moraceae plant family / 由来: (天然) Maclura pomifera (植物) / 参照: UniProt: P18674
#2: タンパク質・ペプチド
Agglutinin beta-2 chain / MPA


分子量: 1615.790 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: From the seeds of the Moraceae plant family / 由来: (天然) Maclura pomifera (植物) / 参照: UniProt: P18676
#3: 糖
ChemComp-LEC / 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside / N-[(2S,3R,4R,5S,6R)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-2-(4-nitrophenoxy)oxan-3-yl]ethanamide / 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucoside / 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-D-glucoside / 4-nitrophenyl 2-acetamido-2-deoxy-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 342.301 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N2O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5M of lithium sulfate, 12% PEG 8000, 1% octyl-beta-D-glucopyranoside, 0.1M Hepes, pH 7.0 in the reservoir solution. The sitting drop is made by protein (28mg/mL) and equal volumn of ...詳細: 0.5M of lithium sulfate, 12% PEG 8000, 1% octyl-beta-D-glucopyranoside, 0.1M Hepes, pH 7.0 in the reservoir solution. The sitting drop is made by protein (28mg/mL) and equal volumn of reservoir solution in the presence of p-nitrophenyl-alpha-GalNAc., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.8 Å / Num. all: 145978 / Num. obs: 122330 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 6716 / % possible all: 46.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
APEXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JOT

1jot


解像度: 2.1→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 9650 8.9 %random
Rwork0.223 ---
all0.244 108366 --
obs0.223 99067 91.4 %-
溶媒の処理Bsol: 46.941 Å2
原子変位パラメータBiso max: 58.73 Å2 / Biso mean: 26.595 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.508 Å20 Å20 Å2
2---0.445 Å20 Å2
3----2.064 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9263 0 168 879 10310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8042
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6222.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 136 -
Rwork0.2404 --
obs-1254 88.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2test\npg.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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