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- PDB-3lll: Crystal structure of mouse pacsin2 F-BAR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lll
タイトルCrystal structure of mouse pacsin2 F-BAR domain
要素Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
キーワードENDOCYTOSIS / coiled-coil / membrane fusion / vesicular traffic / Cytoplasmic vesicle / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


caveola assembly / cell projection morphogenesis / plasma membrane tubulation / protein localization to endosome / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / caveolin-mediated endocytosis / regulation of endocytosis / centriolar satellite ...caveola assembly / cell projection morphogenesis / plasma membrane tubulation / protein localization to endosome / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / caveolin-mediated endocytosis / regulation of endocytosis / centriolar satellite / cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / modulation of chemical synaptic transmission / caveola / phospholipid binding / ruffle membrane / recycling endosome membrane / cell-cell junction / actin cytoskeleton organization / early endosome / endosome / nuclear speck / lipid binding / glutamatergic synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain ...PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A hinge in the distal end of the PACSIN 2 F-BAR domain may contribute to membrane-curvature sensing.
著者: Plomann, M. / Wittmann, J.G. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
B: Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,76512
ポリマ－68,0382
非ポリマー72710
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area33700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.390, 106.400, 125.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2


分子量: 34018.852 Da / 分子数: 2 / 断片: F-BAR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pacsin2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WVE8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.89 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 mixture of 20mg/mL mPACSIN2 and reservoir containing 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 1.62-1.66M (NH4)2SO4, 0.03M KBr, 4-4.5% PEG-MME 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月7日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→52.2 Å / Num. obs: 20356 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 2973 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3haj (human PACSIN 2)

3haj


解像度: 3.3→52.195 Å / SU ML: 2.29 / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 892 4.97 %random
Rwork0.2557 ---
obs0.2577 17953 83.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.666 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→52.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4772 0 34 0 4806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0014892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4026554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1141890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3001-3.50690.39351400.3452574X-RAY DIFFRACTION77
3.5069-3.77760.34851320.30032780X-RAY DIFFRACTION82
3.7776-4.15760.28571370.26492831X-RAY DIFFRACTION84
4.1576-4.75880.26891540.22392941X-RAY DIFFRACTION86
4.7588-5.99420.28171650.22072915X-RAY DIFFRACTION85
5.9942-52.20150.24961640.21783020X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.91681.8201-2.52512.9228-1.69193.02030.14040.2892-0.0279-0.22880.085-0.14891.46410.57980.1410.58970.1914-0.07890.74420.16120.55973.4004-12.5042-43.7872
24.15670.4503-0.97752.9331-0.15263.62320.3701-0.57210.53480.4401-0.19640.1656-0.95030.48420.0090.5215-0.0793-0.17810.5421-0.07760.4538
32.51821.2247-3.58771.3967-1.5184.65880.341-0.68560.24870.2022-0.23190.1421-0.52340.90130.29580.5271-0.0244-0.14651.26650.09680.6005
49.20258.59220.60686.69925.5325-4.8014-2.61411.09382.1596-1.97990.7893.28441.33750.9914-0.14841.59040.11050.02741.22250.26361.2729
52.023-6.64682.53749.9846-2.21456.5776-0.6495-0.5455-0.0692-3.92320.5147-1.40271.09923.085-1.5492.48980.29230.08441.8535-0.00350.2024
61.7301-0.0318-1.34461.0456-0.1363-0.07823.50391.77883.1121-1.95890.0031.9135-1.1277-1.0724-0.00722.65630.4720.96211.569-0.01211.6044
71.6086-1.7056-2.05629.74732.48661.1462-2.9764-1.1757-1.19992.73910.51230.9261-2.3062.19140.09080.8507-0.0951-0.16252.86060.07410.8565
85.27441.5179-3.58232.3257-2.15161.524-0.864-0.191-1.0247-0.3724-0.4036-0.78460.97440.64780.36590.57090.1331-0.06180.6430.10780.7565
92.8264-0.2935-2.46742.4067-1.01894.45730.1548-0.067-1.1261-1.68170.126-1.87761.50722.54590.38390.7402-0.12770.00660.71160.04671.1516
109.2581-2.2318-8.68762.42982.05437.0126-0.3084-1.49980.80420.83440.6943-0.00431.32022.37360.44130.57670.0563-0.13170.92670.04050.3718
113.4269-0.533-3.2107-0.00250.56441.30140.0943-0.2053-0.13280.104-0.18740.0965-0.31320.05240.09380.4012-0.04610.00570.6629-0.03190.3621
129.7526-0.3977-2.40042.4514-3.70614.52680.10692.2737-1.2513-0.2367-0.5416-0.1220.605-0.3957-0.16590.2392-0.0473-0.1690.726-0.2390.3517
130.7725-0.7893-0.50312.67980.6207-2.02090.1787-0.0220.027-0.1748-0.43060.2696-0.6919-0.07240.2750.647-0.0645-0.08121.0703-0.19540.7433
146.70742.1832-7.68629.0812-1.71717.7926-0.1324-2.98172.015-0.0437-1.2778-0.3851-1.02821.086-5.57491.26650.30580.77261.0538-0.28051.3447
157.1831-3.7844-4.87916.45978.92947.7838-0.31230.8093-0.1918-0.26410.5934-1.08440.6805-0.46672.14752.30820.2058-0.06520.1079-0.21351.4253
168.62595.8240.58386.8162-0.85020.96521.9632-0.9738-1.1331.53592.2804-3.1496-0.91971.29070.2840.94041.0314-0.05232.0893-0.92872.3617
171.12621.5574-0.72581.2849-0.00770.12571.0107-1.27870.27220.0265-0.6137-2.39392.2652-1.21360.24111.35430.57030.02921.6676-0.00730.7523
184.9651-1.4751-6.3271.05060.79987.87360.22690.401-0.38920.3554-0.30070.1198-0.4281-1.39280.4770.7235-0.098-0.10591.0436-0.19210.7231
192.16851.5487-0.83336.1271-3.99165.94190.2225-0.34290.24440.83370.1091-0.1171-0.9144-0.8732-1.24180.28390.0873-0.1172-0.18090.03240.6892
201.7372-0.5251-0.31760.21-0.59480.70180.42780.73510.7744-0.7264-0.2651-0.5504-0.767-0.7094-0.08271.03560.13450.13261.40290.040.7759
精密化 TLSグループSelection details: chain B and resid 289:303)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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