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万見
- PDB-3llh: Crystal structure of the first dsRBD of TAR RNA-binding protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3llh
タイトルCrystal structure of the first dsRBD of TAR RNA-binding protein 2
要素RISC-loading complex subunit TARBP2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / dsRBD / DSRM / microRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of viral transcription / regulation of regulatory ncRNA processing / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / global gene silencing by mRNA cleavage / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RISC-loading complex ...regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of viral transcription / regulation of regulatory ncRNA processing / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / global gene silencing by mRNA cleavage / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA processing / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / pre-mRNA binding / RISC complex / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of viral genome replication / protein sequestering activity / negative regulation of protein kinase activity / PKR-mediated signaling / regulation of translation / double-stranded RNA binding / nuclear body / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / : / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain ...RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / : / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / RISC-loading complex subunit TARBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Yamashita, S. / Kawazoe, M. / Takemoto, C. / Sekine, S. / Wakiyama, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structures of dsRBDs of human TRBP
著者: Yamashita, S. / Nagata, T. / Kawazoe, M. / Takemoto, C. / Muto, Y. / Sekine, S. / Wakiyama, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RISC-loading complex subunit TARBP2
B: RISC-loading complex subunit TARBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9763
ポリマ－18,8742
非ポリマー1021
水59433
1
A: RISC-loading complex subunit TARBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4371
ポリマ－9,4371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RISC-loading complex subunit TARBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5392
ポリマ－9,4371
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.184, 51.184, 42.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 RISC-loading complex subunit TARBP2 / TAR RNA-binding protein 2 / Trans-activation-responsive RNA-binding protein


分子量: 9436.872 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-105 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 6895 / プラスミド: pGEX6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15633
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7161 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.326 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.44M SODIUM MALONATE pH7.0, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.5% v/v ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日 / 詳細: RHODIUM-COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 6917 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 12.175
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.807 / Num. unique all: 680 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RC7

1rc7


解像度: 2.14→44.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 749893.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 329 4.8 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 6899 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.4207 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.35 Å20 Å20 Å2
2--8.35 Å20 Å2
3----16.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 0 7 33 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 61 5.4 %
Rwork0.256 1076 -
obs-1076 99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3mli_msd.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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