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- PDB-3ll3: The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from Lactob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ll3
タイトルThe crystal structure of ligand bound xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
要素Gluconate kinase
キーワードTRANSFERASE / xylulose kinase / 11120e1 / NYSGX / ATP / ADP / xylulose / Kinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


gluconokinase / gluconokinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain ...: / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / D-XYLULOSE / Gluconate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gluconate kinase
B: Gluconate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7727
ポリマ－112,2592
非ポリマー1,5135
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area37440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.889, 73.056, 82.872
Angle α, β, γ (deg.)84.75, 86.32, 77.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Gluconate kinase


分子量: 56129.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
株: NCFM / 遺伝子: LBA0354 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)codon+ril / 参照: UniProt: Q5FM28, gluconokinase
#4: 糖 ChemComp-XUL / D-XYLULOSE / D-キシルロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5

-
非ポリマー , 4種, 631分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-DXP / 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / 1-デオキシ-D-キシルロ-ス5-りん酸


分子量: 214.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O7P
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPEs pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 79750 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique all: 8387 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GBT

3gbt


解像度: 2.002→36.138 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 3962 4.97 %Random
Rwork0.1956 ---
obs0.197 79750 89.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.711 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2008 Å2-1.929 Å2-4.553 Å2
2--5.7133 Å210.7448 Å2
3---1.4874 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→36.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7608 0 94 627 8329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15210665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8452921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0019-2.02630.3429910.28391988X-RAY DIFFRACTION65
2.0263-2.0520.31381330.28392405X-RAY DIFFRACTION81
2.052-2.0790.34971270.26662535X-RAY DIFFRACTION83
2.079-2.10740.29631330.25742508X-RAY DIFFRACTION86
2.1074-2.13750.31280.24352569X-RAY DIFFRACTION83
2.1375-2.16940.24591210.23922561X-RAY DIFFRACTION85
2.1694-2.20330.28551200.23272564X-RAY DIFFRACTION84
2.2033-2.23950.24731270.24182499X-RAY DIFFRACTION82
2.2395-2.27810.27861240.26472576X-RAY DIFFRACTION86
2.2781-2.31950.26261260.23082549X-RAY DIFFRACTION83
2.3195-2.36410.28441480.21482596X-RAY DIFFRACTION87
2.3641-2.41230.25921410.20362642X-RAY DIFFRACTION87
2.4123-2.46480.25921310.20512694X-RAY DIFFRACTION89
2.4648-2.52210.25441390.21572766X-RAY DIFFRACTION90
2.5221-2.58520.26171490.22662708X-RAY DIFFRACTION92
2.5852-2.6550.26681440.22032827X-RAY DIFFRACTION93
2.655-2.73310.27091470.20922818X-RAY DIFFRACTION94
2.7331-2.82130.25291460.21042866X-RAY DIFFRACTION94
2.8213-2.92210.24121540.20962869X-RAY DIFFRACTION95
2.9221-3.0390.21921490.20662912X-RAY DIFFRACTION96
3.039-3.17730.26551460.21052919X-RAY DIFFRACTION97
3.1773-3.34470.23351640.19132896X-RAY DIFFRACTION97
3.3447-3.55410.221840.18352908X-RAY DIFFRACTION97
3.5541-3.82820.20341530.17042949X-RAY DIFFRACTION97
3.8282-4.21290.17971580.15582839X-RAY DIFFRACTION95
4.2129-4.82130.15621640.13583001X-RAY DIFFRACTION98
4.8213-6.06970.16011590.15472987X-RAY DIFFRACTION99
6.0697-36.14410.18241560.17892837X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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