PDB-3lk6: Beta-N-hexosaminidase N318D mutant (YBBD_N318D) from bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lk6

タイトル

Beta-N-hexosaminidase N318D mutant (YBBD_N318D) from bacillus subtilis

要素

Lipoprotein ybbD

キーワード

HYDROLASE / bacillus subtilis / hexosaminidase / Cell membrane / Glycosidase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Krug, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Beta-N-hexosaminidase N318D mutant (YBBD_N318D) from bacillus subtilis
著者: Krug, M. / Fischer, S. / Diederichs, K. / Boos, W. / Mayer, C.

履歴

登録	2010年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lk6.cif.gz	930.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lk6.ent.gz	776 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lk6_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lk6_full_validation.pdf.gz	537.6 KB	表示
XML形式データ	3lk6_validation.xml.gz	88.8 KB	表示
CIF形式データ	3lk6_validation.cif.gz	118.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bmxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fkt-2 4gyk-2 5jwz-2 5fkr-d 1wzi-d 6j7c-1 3bmx-2 3cpr-d 7cyg-d 1wze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein ybbD

B: Lipoprotein ybbD

C: Lipoprotein ybbD

D: Lipoprotein ybbD

ヘテロ分子

273 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipoprotein ybbD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipoprotein ybbD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lipoprotein ybbD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Lipoprotein ybbD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.315, 99.149, 139.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.11, 90.05, 89.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 31:321 or resseq 323:642 )
2	1	1	chain B and (resseq 31:321 or resseq 323:642 )
3	1	1	chain C and (resseq 31:321 or resseq 323:642 )
4	1	1	chain D and (resseq 31:321 or resseq 323:642 )

#1: タンパク質	Lipoprotein ybbD / ORF1 分子量: 67774.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU01660, ybbD, yzbA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40406
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.9 and varying concentrations of polyethylene glycol 1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年7月20日
放射	モノクロメーター: Si(111)monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.88→48.988 Å / Num. all: 68607 / Num. obs: 64490 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.88 % / B_iso Wilson estimate: 41.578 Å² / Net I/σ(I): 10.08
反射シェル	解像度: 2.88→3.05 Å / 冗長度: 1.66 % / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 9481 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3BMX

3bmx

解像度: 2.88→48.988 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2006	3261	5.06 %	5% of the reflections selected randomly by the program uniqueify
R_work	0.1713	-	-	-
obs	0.1728	64427	93.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.667 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→48.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18989	0	137	75	19201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	19470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	26234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.036	7413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2965
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3394

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4721	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4721	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
1	3	C	4709	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
1	4	D	4721	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.88-2.9219	0.4075	89	0.3176	1691	X-RAY DIFFRACTION	58
2.9219-2.9675	0.2667	143	0.2616	2718	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9675-3.0162	0.2836	140	0.2501	2650	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0162-3.0682	0.3155	147	0.2541	2733	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0682-3.124	0.3166	146	0.2623	2763	X-RAY DIFFRACTION	96
3.124-3.184	0.2892	142	0.2364	2706	X-RAY DIFFRACTION	96
3.184-3.249	0.2865	126	0.2088	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
3.249-3.3196	0.2434	153	0.2061	2740	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3196-3.3968	0.1908	126	0.1821	2642	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3968-3.4818	0.1868	146	0.1743	2756	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4818-3.5759	0.189	151	0.1564	2675	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5759-3.6811	0.1751	136	0.1691	2760	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6811-3.7998	0.2125	143	0.1653	2651	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7998-3.9356	0.1885	136	0.1559	2694	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9356-4.0931	0.1897	150	0.1542	2697	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0931-4.2793	0.1842	139	0.1424	2708	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2793-4.5048	0.1654	150	0.1241	2665	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5048-4.7868	0.1332	164	0.1126	2688	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7868-5.156	0.1422	143	0.1186	2748	X-RAY DIFFRACTION	96
5.156-5.6742	0.1564	143	0.1238	2711	X-RAY DIFFRACTION	96
5.6742-6.4936	0.1462	149	0.1374	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
6.4936-8.1751	0.1579	152	0.144	2713	X-RAY DIFFRACTION	95
8.1751-48.9955	0.1752	147	0.1564	2645	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	0.064	-0.2164	0.0348	0.3175	-0.0487	0.3466	-0.0496	0.0144	0.0157	-0.0811	0.0746	0.0968	-0.2087	0.1594	-0.0211	0.1586	-0.0723	-0.038	0.0839	-0.0021	0.0392	6.3738	-10.2199	25.9673
2		0.0408	0.0329	-0.0895	0.0652	-0.0078	0.1205	-0.1196	-0.1175	-0.1913	-0.0818	0.0212	0.078	-0.0081	-0.0717	0.0712	0.0165	0.0075	0.0122	0.2391	0.0249	0.1226
3		0.0261	-0.0014	0.0174	0.0272	-0.0902	0.3017	-0.0684	-0.0774	0.1997	0.0296	-0.0675	-0.1257	-0.4705	0.1453	0.0131	0.0476	-0.2106	0.0679	-0.3071	0.1396	-0.4935
4		0.6313	-0.2043	0.1664	0.2128	-0.0941	0.0737	-0.061	-0.2108	-0.2587	0.1984	0.0704	0.0839	-0.0645	-0.0456	-0.0066	-0.0484	0.0098	-0.0154	0.0592	-0.066	-0.0074
5		0.1764	0.1817	-0.0706	0.139	0.0468	0.2736	-0.0149	-0.0241	0.0699	0.0433	0.0321	0.0548	0.2012	0.0662	-0.0066	0.1721	0.0688	0.0291	-0.0165	0.0118	0.0332
6		1.3162	-0.0757	0.3	0.0348	0.0724	0.2509	-0.11	0.0645	0.2909	0.0903	-0.001	0.0346	0.0927	-0.0399	0.0905	0.0344	-0.0057	0.0086	0.1961	0.0324	0.0512
7		0.0852	0.0027	-0.0551	0.0377	-0.1126	0.4521	-0.0621	0.1453	-0.1529	-0.1365	0.0235	-0.0622	0.4177	0.1195	0.0112	0.0075	0.1703	0.0609	-0.1275	-0.18	-0.7051
8		0.3467	0.0883	-0.2555	0.1251	-0.0202	0.1951	0.0435	0.1929	0.156	-0.1156	0.0231	0.0375	-0.0132	-0.1882	-0.006	-0.172	-0.0793	-0.0449	0.0454	-0.0412	0.0175
9		0.2046	-0.2306	0.0965	0.2959	0.0566	0.4649	-0.0107	-0.0609	0.018	-0.0525	0.0322	-0.0789	0.2345	-0.1649	-0.015	0.1768	-0.0662	0.037	0.0836	0.005	0.0596
10		1.176	0.0206	0.1738	0.0465	-0.0163	0.2152	-0.1071	-0.1206	0.4061	-0.1118	-0.0556	0.0101	0.0407	0.0802	0.07	-0.0456	-0.0248	0.0619	0.172	-0.0367	0.0097
11		0.0251	0.0033	-0.0797	0.0373	0.0213	0.179	-0.052	-0.0045	-0.0516	0.02	-0.006	0.054	0.2322	-0.0562	0.008	0.1299	-0.1109	-0.0682	0.0562	-0.0472	-0.1422
12		0.3919	-0.2373	-0.106	0.1914	0.0962	0.0575	-0.0382	-0.1385	0.1866	0.1339	0.0416	-0.1821	0.0662	0.0258	0.0104	-0.0372	0.002	0.0436	0.0471	0.0553	-0.0025
13		0.2278	0.1247	0.0079	0.1036	-0.0173	0.2372	-0.0406	0.0029	-0.0135	0.1021	0.0292	-0.0304	-0.2299	-0.044	0.0194	0.1695	0.0476	-0.041	0.029	-0.0131	0.0155
14		0.0773	-0.0175	-0.1174	0.0619	0.0015	0.14	-0.0798	0.0841	-0.2155	0.0506	-0.0264	-0.0606	-0.0193	0.0887	0.0951	0.0061	0.0069	0.0093	0.2142	-0.0485	0.1056
15		0.0234	0.0001	0.1	0.0005	0.0264	0.3188	-0.1152	0.0406	0.268	-0.0028	-0.0948	0.141	-0.4002	-0.1011	0.0206	0.0158	0.1856	0.084	-0.2002	-0.0685	-0.4024
16		0.6877	0.1541	0.0636	0.1743	0.1543	0.1449	-0.0604	0.1904	-0.2125	-0.0912	0.0133	-0.0453	-0.0548	0.0287	0.0254	0.0065	-0.0179	-0.0174	0.0802	0.0253	-0.0007

精密化 TLSグループ

Selection details: chain D and resid 427:642)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)