ソフトウェア 名称 バージョン 分類 MD2diffractometer software from EMBLデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.5.0102精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 3H5F解像度 : 1.36→34.03 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.954 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.948 / SU B : 0.9 / SU ML : 0.038 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(I) : 0 / ESU R : 0.063 / ESU R Free : 0.066 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2151 978 5.1 % RANDOM Rwork 0.18241 - - - all 0.18416 18278 - - obs 0.18416 18278 99.23 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 16.806 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.36→34.03 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 702 0 18 59 779
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.024 0.022 856 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.364 2.037 1153 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.113 5 115 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.384 28.235 34 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.574 15 198 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.107 0.2 125 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.02 608 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.35 1.5 524 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.377 2 835 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it4.144 3 332 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.634 4.5 313 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.254 61 - Rwork 0.187 1342 - obs - - 99.15 %