PDB-3lim: Crystal structure of the pore forming toxin frac from sea anemone...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lim

タイトル

Crystal structure of the pore forming toxin frac from sea anemone actinia fragacea

要素

Fragaceatoxin C

キーワード

TOXIN / PORE FORMING TOXIN / ACTINOPORINS

機能・相同性

機能・相同性情報

nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinia fragacea (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Morante, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the oligomerization and architecture of eukaryotic membrane pore-forming toxins.
著者: Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Gil-Carton, D. / Morante, K. / Valle, M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.

履歴

登録	2010年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lim.cif.gz	246 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lim.ent.gz	202.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lim_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lim_full_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示
XML形式データ	3lim_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	3lim_validation.cif.gz	79.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3lim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3lim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3x2k-d 3k7g-d 7bx9-d 2b7j-3 6z6i-2 6tad-d 5qi4-d 2lt2-d 6z5t-2 5jly-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fragaceatoxin C

B: Fragaceatoxin C

C: Fragaceatoxin C

D: Fragaceatoxin C

E: Fragaceatoxin C

F: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

122 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Fragaceatoxin C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.899, 117.899, 343.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 3:179 )
2	1	1	chain B and (resseq 3:179 )
3	1	1	chain C and (resseq 3:179 )
4	1	1	chain D and (resseq 3:179 )
5	1	1	chain E and (resseq 3:179 )
6	1	1	chain F and (resseq 3:179 )

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS NONAMERIC THAT PISA CANNOT CONSTRUCT BASED ON CRYSTAL CONTACTS.

#1: タンパク質	Fragaceatoxin C 分子量: 19659.225 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Actinia fragacea (イソギンチャク) / 参照: UniProt: B9W5G6
#2: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 詳細: reservoir, 10 mM Tris pH 7.8 4 M sodium formate. Drop has one to one of 4-6 mg/ml protein and reservoir solution, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→76.25 Å / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→49.91 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	6427	5.04 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.191	127597	97.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.6 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.691 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.691 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.381 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8334	0	270	945	9549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	11856
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.38	3126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1482

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
1	3	C	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
1	4	D	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	5	E	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
1	6	F	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.821	0.272	246	0.237	3788	X-RAY DIFFRACTION	94
1.821-1.842	0.29	198	0.224	3839	X-RAY DIFFRACTION	93
1.842-1.864	0.23	192	0.211	3858	X-RAY DIFFRACTION	95
1.864-1.888	0.252	176	0.206	3891	X-RAY DIFFRACTION	95
1.888-1.913	0.23	177	0.194	3887	X-RAY DIFFRACTION	95
1.913-1.939	0.238	213	0.201	3862	X-RAY DIFFRACTION	94
1.939-1.967	0.231	213	0.192	3855	X-RAY DIFFRACTION	94
1.967-1.996	0.205	231	0.191	3841	X-RAY DIFFRACTION	95
1.996-2.027	0.232	200	0.194	3886	X-RAY DIFFRACTION	95
2.027-2.06	0.224	207	0.192	3902	X-RAY DIFFRACTION	95
2.06-2.096	0.232	225	0.194	3882	X-RAY DIFFRACTION	96
2.096-2.134	0.239	214	0.199	3942	X-RAY DIFFRACTION	96
2.134-2.175	0.239	211	0.192	3932	X-RAY DIFFRACTION	97
2.175-2.22	0.266	223	0.185	3991	X-RAY DIFFRACTION	97
2.22-2.268	0.216	209	0.179	4030	X-RAY DIFFRACTION	98
2.268-2.321	0.213	183	0.183	4054	X-RAY DIFFRACTION	98
2.321-2.379	0.245	202	0.182	4069	X-RAY DIFFRACTION	99
2.379-2.443	0.222	189	0.18	4098	X-RAY DIFFRACTION	99
2.443-2.515	0.242	237	0.193	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.515-2.596	0.244	204	0.198	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.689	0.236	233	0.199	4156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.796	0.244	230	0.196	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.796-2.924	0.213	213	0.192	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.078	0.212	234	0.188	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.271	0.206	225	0.183	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.271-3.523	0.204	228	0.179	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.523-3.877	0.211	223	0.17	4216	X-RAY DIFFRACTION	100
3.877-4.438	0.182	220	0.159	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
4.438-5.59	0.196	226	0.17	4319	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-49.925	0.25	245	0.229	4561	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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