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- PDB-3lhk: Crystal structure of putative DNA binding protein from Methanocal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lhk
タイトルCrystal structure of putative DNA binding protein from Methanocaldococcus jannaschii.
要素putative DNA binding protein MJ0014
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MCSG / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2170 / IS607-like transposase, catalytic domain / SinI-like, DNA-binding domain / Helix-turn-helix domain, group 17 / Helix-turn-helix domain / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain ...Helix Hairpins - #2170 / IS607-like transposase, catalytic domain / SinI-like, DNA-binding domain / Helix-turn-helix domain, group 17 / Helix-turn-helix domain / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MJ0014
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chang, C. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative DNA binding protein from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative DNA binding protein MJ0014
B: putative DNA binding protein MJ0014
C: putative DNA binding protein MJ0014
D: putative DNA binding protein MJ0014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9634
ポリマ－72,9634
非ポリマー00
水5,080282
1
A: putative DNA binding protein MJ0014
B: putative DNA binding protein MJ0014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4812
ポリマ－36,4812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
2
C: putative DNA binding protein MJ0014
D: putative DNA binding protein MJ0014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4812
ポリマ－36,4812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.349, 86.160, 115.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
putative DNA binding protein MJ0014


分子量: 18240.725 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 63-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0014 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q60329
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 20 mM Citric acid 80 mM Bis-Tris propane 16 % PEG 3350, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 39857 / Num. obs: 39846 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1968 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 12.025 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.204
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24927 2000 5 %RANDOM
Rwork0.20347 ---
all0.20577 39774 --
obs0.20577 39774 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---3.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4758 0 0 282 5040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9676474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2785577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.00124.186215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.325151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4751527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.691.52877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35324650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23931962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8024.51824
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 135 -
Rwork0.219 2732 -
obs-2867 98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.18710.4841-0.26062.46370.02110.6914-0.0048-0.1725-0.430.0873-0.092-0.25240.05140.05930.09680.10050.0173-0.02720.07150.05680.24474.629980.131233.8856
21.225-2.0219-0.622711.5372-1.03861.52910.1919-0.2092-0.00960.2211-0.3175-1.002-0.28180.1740.12560.1789-0.0728-0.15680.19380.06280.250884.5476104.147542.8791
33.04490.3480.13662.724-0.26681.95550.0658-0.29040.16150.3106-0.03790.1283-0.1608-0.046-0.02790.15850.01180.00290.107-0.03190.03855.641999.697641.1942
410.2455-5.9821.475313.9661-0.88350.78090.1035-0.9087-0.0781.8251-0.3622-0.3944-0.1536-0.13670.25870.4981-0.1624-0.22140.32880.0540.10780.0621101.098852.9613
52.4029-0.16130.07861.9477-0.07921.9190.034-0.3905-0.24780.1534-0.0416-0.1240.1015-0.17970.00760.1157-0.03730.02010.15550.0320.124360.519450.643942.3795
612.8938-8.09571.13678.4843-2.18742.7469-0.3379-2.1553-0.59820.84480.5728-0.13570.1968-0.7456-0.23490.3098-0.2781-0.01441.1090.30790.16835.919749.310953.978
76.62671.74050.19012.35820.31591.4346-0.0757-0.45651.1067-0.0365-0.00550.2809-0.0339-0.18060.08120.08090.02280.0010.1224-0.11920.284141.134569.663634.9539
88.3834-5.39563.846214.3163-3.49153.66870.6848-1.2723-1.0573-0.963-0.17151.13080.6734-0.8497-0.51330.2173-0.2085-0.02090.52220.16040.259232.041846.013443.9703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A62 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2A165 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3B62 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4B165 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5C62 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6C165 - 205
7X-RAY DIFFRACTION7D62 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8D165 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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