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- PDB-3lhc: Crystal structure of cyanovirin-n swapping domain b mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lhc
タイトルCrystal structure of cyanovirin-n swapping domain b mutant
要素Cyanovirin-N
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / CYANOVIRIN-N / SUGAR BINDING PROTEIN / HIV-INACTIVATING / GP120 / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
HIV-inactivating Protein, Cyanovirin-n / Cyanovirin-N / Cyanovirin-N / Cyanovirin-N superfamily / CVNH domain / CVNH / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cyanovirin-N
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc ellipsosporum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Matei, E. / Zheng, A. / Furey, W. / Rose, J. / Aiken, C. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Anti-HIV activity of defective cyanovirin-N mutants is restored by dimerization.
著者: Matei, E. / Zheng, A. / Furey, W. / Rose, J. / Aiken, C. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanovirin-N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9376
ポリマ－10,6061
非ポリマー3315
水2,162120
1
A: Cyanovirin-N
ヘテロ分子

A: Cyanovirin-N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,87312
ポリマ－21,2112
非ポリマー66210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area7790 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.140, 47.140, 78.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-108-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyanovirin-N / CV-N


分子量: 10605.680 Da / 分子数: 1 / 変異: E41A,N42A,T57A,R76A,Q78G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc ellipsosporum (バクテリア)
プラスミド: PET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P81180
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6
詳細: 20 MILI MOLAR SODIUM PHOSPHATE, 50 MILI MOLAR POTASSIUM PHOSPHATE, 20% POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 0.01 % SODIUM AZIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295 K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月14日 / 詳細: HF VARIMAX
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→36.21 Å / Num. obs: 23076 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.3.1位相決定
CNS1.2精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EZM

2ezm


解像度: 1.34→36.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1393553.82 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2158 10 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 21667 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.14 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→36.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数742 0 17 120 879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.722.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 350 10.4 %
Rwork0.322 3026 -
obs--89.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMIONS.TOP OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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