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万見
- PDB-3lgo: Structure of Gse1p, member of the GSE/EGO complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lgo
タイトルStructure of Gse1p, member of the GSE/EGO complex
要素Protein SLM4
キーワードPROTEIN BINDING / Roadblock/LC7 / domain swap / Autophagy / Membrane / Transmembrane / Transport / Vacuole
機能・相同性
機能・相同性情報


Ragulator complex / microautophagy / endocytic recycling / fungal-type vacuole membrane / positive regulation of TOR signaling / late endosome membrane / late endosome / protein transport / signal transduction / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kogan, K. / Fass, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural conservation of components in the amino acid sensing branch of the TOR pathway in yeast and mammals.
著者: Kogan, K. / Spear, E.D. / Kaiser, C.A. / Fass, D.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SLM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5631
ポリマ－19,5631
非ポリマー00
水362
1
A: Protein SLM4

A: Protein SLM4

A: Protein SLM4

A: Protein SLM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2534
ポリマ－78,2534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
2
A: Protein SLM4

A: Protein SLM4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1262
ポリマ－39,1262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.290, 73.290, 147.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Protein SLM4 / GSE complex subunit 1 / EGO complex subunit 3


分子量: 19563.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EGO3, GSE1, SLM4, YBR0723, YBR077C / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38247
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3
詳細: 100 mM sodium citrate buffer, pH 2.0, 500-800 mM ammonium sulfate, 200 mM lithium sulfate, 200-350 mM L-arginine-HCl, pH 5.75, 5% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 5995 / Num. obs: 5873 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 83.5 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.949 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.85→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.351 463 -random
Rwork0.317 ---
all-5949 --
obs-5862 98.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 0 2 1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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