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- PDB-3lez: Crystal structure of a halotolerant bacterial beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lez
タイトルCrystal structure of a halotolerant bacterial beta-lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / antibiotic resistance / halotolerant / deep-sea bacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: An antibiotic-resistance enzyme from a deep-sea bacterium
著者: Toth, M. / Smith, C. / Frase, H. / Mobashery, S. / Vakulenko, S.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,46311
ポリマ－28,8691
非ポリマー59410
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,92622
ポリマ－57,7372
非ポリマー1,18920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.980, 55.980, 165.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

CA

21A-27-

HOH

31A-28-

HOH

41A-29-

HOH

51A-30-

HOH

61A-31-

HOH

71A-32-

HOH

81A-33-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28868.621 Da / 分子数: 1 / 断片: mature beta-lactamase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
遺伝子: OB2793, oih-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EMP8, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M hepes, 28% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→41.9 Å / Num. all: 84295 / Num. obs: 84295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル最高解像度: 1.25 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→41.855 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 4208 4.99 %random 5%
Rwork0.154 ---
obs0.155 84272 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.035 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→41.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 24 515 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1723042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.177869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26420.25541350.2432608X-RAY DIFFRACTION100
1.2642-1.27910.25951400.24392642X-RAY DIFFRACTION100
1.2791-1.29470.2641400.22982620X-RAY DIFFRACTION100
1.2947-1.31110.27361310.22972666X-RAY DIFFRACTION100
1.3111-1.32830.25791300.20962652X-RAY DIFFRACTION100
1.3283-1.34650.22971340.20792636X-RAY DIFFRACTION100
1.3465-1.36580.21391340.19872650X-RAY DIFFRACTION100
1.3658-1.38620.24321520.18692606X-RAY DIFFRACTION100
1.3862-1.40780.23771380.17282636X-RAY DIFFRACTION100
1.4078-1.43090.18491170.16452645X-RAY DIFFRACTION100
1.4309-1.45560.21151480.16082640X-RAY DIFFRACTION100
1.4556-1.4820.18471570.14772661X-RAY DIFFRACTION100
1.482-1.51060.17991480.13782626X-RAY DIFFRACTION100
1.5106-1.54140.14441550.12672621X-RAY DIFFRACTION100
1.5414-1.57490.1671330.12332673X-RAY DIFFRACTION100
1.5749-1.61150.1851370.1212648X-RAY DIFFRACTION100
1.6115-1.65180.14721230.11982670X-RAY DIFFRACTION100
1.6518-1.69650.14261380.11342692X-RAY DIFFRACTION100
1.6965-1.74640.13731570.10872630X-RAY DIFFRACTION100
1.7464-1.80280.14751440.10892670X-RAY DIFFRACTION100
1.8028-1.86720.15431440.10712681X-RAY DIFFRACTION100
1.8672-1.9420.13071470.11512655X-RAY DIFFRACTION100
1.942-2.03040.14581260.11572658X-RAY DIFFRACTION100
2.0304-2.13740.14861470.11552703X-RAY DIFFRACTION100
2.1374-2.27130.13761290.11842707X-RAY DIFFRACTION100
2.2713-2.44670.14061340.12872716X-RAY DIFFRACTION100
2.4467-2.69290.16141420.13732729X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-3.08240.16541490.14722724X-RAY DIFFRACTION100
3.0824-3.88310.1511480.13722700X-RAY DIFFRACTION97
3.8831-41.87860.16371510.17312899X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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