PDB-3lez: Crystal structure of a halotolerant bacterial beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lez

タイトル

Crystal structure of a halotolerant bacterial beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase / antibiotic resistance / halotolerant / deep-sea bacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: An antibiotic-resistance enzyme from a deep-sea bacterium
著者: Toth, M. / Smith, C. / Frase, H. / Mobashery, S. / Vakulenko, S.

履歴

登録	2010年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lez.cif.gz	146 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lez.ent.gz	114.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lez_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lez_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	3lez_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	3lez_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3lez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3lez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6d18-d 5gid-d 5zg6-2 4jlf-d 5mx7-d 5ghz-1 4xtw-2 3w4q-2 4ia7-d 4jtp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.980, 55.980, 165.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-4- CA
2	1	A-27- HOH
3	1	A-28- HOH
4	1	A-29- HOH
5	1	A-30- HOH
6	1	A-31- HOH
7	1	A-32- HOH
8	1	A-33- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28868.621 Da / 分子数: 1 / 断片: mature beta-lactamase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア) 遺伝子: OB2793, oih-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EMP8, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M hepes, 28% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月24日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→41.9 Å / Num. all: 84295 / Num. obs: 84295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	最高解像度: 1.25 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→41.855 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.174	4208	4.99 %	random 5%
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.155	84272	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.035 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→41.855 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	24	515	2677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.172	3042
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.177	869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.2642	0.2554	135	0.243	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2642-1.2791	0.2595	140	0.2439	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2791-1.2947	0.264	140	0.2298	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2947-1.3111	0.2736	131	0.2297	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3111-1.3283	0.2579	130	0.2096	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3283-1.3465	0.2297	134	0.2079	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3465-1.3658	0.2139	134	0.1987	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3658-1.3862	0.2432	152	0.1869	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3862-1.4078	0.2377	138	0.1728	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4078-1.4309	0.1849	117	0.1645	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4309-1.4556	0.2115	148	0.1608	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4556-1.482	0.1847	157	0.1477	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.482-1.5106	0.1799	148	0.1378	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5106-1.5414	0.1444	155	0.1267	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5414-1.5749	0.167	133	0.1233	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5749-1.6115	0.185	137	0.121	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6115-1.6518	0.1472	123	0.1198	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6518-1.6965	0.1426	138	0.1134	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6965-1.7464	0.1373	157	0.1087	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7464-1.8028	0.1475	144	0.1089	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8672	0.1543	144	0.1071	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8672-1.942	0.1307	147	0.1151	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.0304	0.1458	126	0.1157	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0304-2.1374	0.1486	147	0.1155	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1374-2.2713	0.1376	129	0.1184	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2713-2.4467	0.1406	134	0.1287	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4467-2.6929	0.1614	142	0.1373	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6929-3.0824	0.1654	149	0.1472	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0824-3.8831	0.151	148	0.1372	2700	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8831-41.8786	0.1637	151	0.1731	2899	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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