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万見

- PDB-3lee: Crystal structure of the human squalene synthase complexed with B... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lee

タイトル

Crystal structure of the human squalene synthase complexed with BPH-652

要素

Squalene synthetase

キーワード

TRANSFERASE / isoprenoid synthase fold / Cholesterol biosynthesis / Endoplasmic reticulum / Isoprene biosynthesis / Lipid synthesis / Magnesium / Membrane / Multifunctional enzyme / NADP / Oxidoreductase / Steroid biosynthesis / Sterol biosynthesis / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

squalene synthase / farnesyl diphosphate metabolic process / squalene synthase [NAD(P)H] activity / Cholesterol biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Liu, Y.-L. / Lin, F.-Y. / Oldfield, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanism of Action (and Inhibition) of Head-to-Head Terpene Synthases: A Structural Investigation
著者: Lin, F.-Y. / Liu, C.-I. / Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / Wang, K. / Cao, R. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E.

履歴

登録	2010年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lee.cif.gz	772.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lee.ent.gz	653.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lee_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lee_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3lee_validation.xml.gz	74 KB	表示
CIF形式データ	3lee_validation.cif.gz	98.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3lee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3lee	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3weh-d 1ezf-3 4qpm-1 3ht5-d 3wcg-5 3wej-d 1ezf-1 3wcb-2 3vj8-d 5wno-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Squalene synthetase

B: Squalene synthetase

C: Squalene synthetase

D: Squalene synthetase

E: Squalene synthetase

F: Squalene synthetase

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
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A: Squalene synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
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B: Squalene synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
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C: Squalene synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
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D: Squalene synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
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E: Squalene synthetase

ヘテロ分子

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39.6 kDa, 1 ポリマー
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F: Squalene synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.662, 153.422, 92.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	D
1	3	A
2	3	E
1	4	A
2	4	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	37 - 316
2	1	1	3	B	37 - 316
3	1	1	3	C	37 - 316
1	2	1	3	A	327 - 452
2	2	1	3	B	327 - 452
3	2	1	3	C	327 - 452
1	1	2	3	A	37 - 315
2	1	2	3	D	37 - 315
1	2	2	3	A	327 - 369
2	2	2	3	D	327 - 369
1	3	2	6	A	451 - 452
2	3	2	6	D	451 - 452
1	1	3	3	A	316 - 317
2	1	3	3	E	316 - 317
1	2	3	3	A	327 - 369
2	2	3	3	E	327 - 369
1	3	3	6	A	451 - 452
2	3	3	6	E	451 - 452
1	1	4	6	A	38 - 311
2	1	4	6	F	38 - 311
1	2	4	6	A	327 - 370
2	2	4	6	F	327 - 370
1	3	4	6	A	451 - 452
2	3	4	6	F	451 - 452

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質	Squalene synthetase / SQS / SS / Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase / FPP:FPP farnesyltransferase 分子量: 39166.699 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 31-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDFT1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37268, squalene synthase
#2: 化合物	ChemComp-B65 / (1R)-4-(3-phenoxyphenyl)-1-phosphonobutane-1-sulfonic acid / BPH-652 分子量: 386.357 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉O₇PS
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG 6,000, 0.2M sodium tartrate dibasic, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日詳細: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer and vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 39260 / Num. obs: 39260 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→29.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 55.671 / SU ML: 0.438 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27638	1973	5 %	RANDOM
R_work	0.19147	-	-	-
obs	0.19568	37261	99.51 %	-
all	-	39260	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15040	0	156	188	15384

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	15507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	10390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.686	1.96	21022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.585	3	25269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.412	5	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.138	24.274	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.582	15	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.823	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.472	1.5	9382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.076	1.5	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.909	2	15164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.271	3	6125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.207	4.5	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1842	TIGHT POSITIONAL	0.34	0.05
1	2	B	1842	TIGHT POSITIONAL	0.48	0.05
1	3	C	1842	TIGHT POSITIONAL	0.35	0.05
1	1	A	2395	LOOSE POSITIONAL	0.7	5
1	2	B	2395	LOOSE POSITIONAL	0.8	5
1	3	C	2395	LOOSE POSITIONAL	0.71	5
1	1	A	1842	TIGHT THERMAL	2.09	0.5
1	2	B	1842	TIGHT THERMAL	3.19	0.5
1	3	C	1842	TIGHT THERMAL	3.72	0.5
1	1	A	2395	LOOSE THERMAL	2.51	10
1	2	B	2395	LOOSE THERMAL	3.29	10
1	3	C	2395	LOOSE THERMAL	3.75	10
2	1	A	1830	TIGHT POSITIONAL	0.34	0.05
2	1	A	2388	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
2	1	A	1830	TIGHT THERMAL	3.62	0.5
2	1	A	2388	LOOSE THERMAL	3.68	10
3	1	A	255	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.05
3	1	A	376	LOOSE POSITIONAL	0.69	5
3	1	A	255	TIGHT THERMAL	1.46	0.5
3	1	A	376	LOOSE THERMAL	2.89	10
4	1	A	3499	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
4	1	A	3499	LOOSE THERMAL	7.72	10

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.286 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	140	-
R_work	0.24	2532	-
obs	-	-	93.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4736	-1.9299	-1.4224	1.6971	-0.255	3.4826	0.0684	0.0669	0.2049	-0.0213	-0.0954	0.1243	-0.1813	-0.1424	0.027	0.3306	-0.0287	-0.0774	0.3403	0.0324	0.3816	12.8761	-6.2549	44.2077
2	2.0237	1.0488	0.5097	4.3494	-0.7056	1.1157	-0.0963	0.1036	-0.0125	-0.2347	0.0558	0.0878	0.0477	-0.0762	0.0405	0.3077	-0.0045	-0.0439	0.3256	-0.0027	0.3238	19.9386	-7.9612	48.2
3	11.8442	14.6444	3.5457	23.6833	6.3905	1.7864	0.2781	0.3185	0.0216	-0.2063	-0.2168	-0.2028	-0.098	-0.0968	-0.0613	0.5249	-0.0285	-0.037	0.5649	0.1266	0.4005	32.5085	4.0696	32.1184
4	2.8634	1.1378	-1.5773	2.0189	-0.7077	1.838	-0.0697	0.3736	0.3833	-0.2411	0.0203	0.2771	-0.1982	-0.2133	0.0494	0.4518	0.016	-0.0753	0.3964	0.0748	0.4866	25.3159	5.9527	41.5958
5	1.3528	0.2179	0.2579	1.6867	-0.7909	2.2211	0.0069	-0.0567	0.4517	0.1543	0.0732	0.1838	-0.2718	-0.1408	-0.0801	0.4135	-0.0067	-0.037	0.3307	0.006	0.4356	20.9565	0.9222	52.7253
6	3.769	-1.7067	-0.9719	4.4793	0.5256	0.5082	0.2021	0.0778	0.3873	-0.4552	-0.1227	-0.3931	-0.2324	0.2755	-0.0794	0.442	-0.0412	-0.0166	0.4263	0.0258	0.5166	39.9867	-3.3353	41.1685
7	0.4753	-0.1721	0.4063	8.4177	1.8767	0.885	-0.0113	0.1075	0.0476	-0.0727	-0.1216	0.1041	-0.1338	0.1305	0.1329	0.3223	-0.0477	-0.0221	0.2778	0.0497	0.3092	41.2696	-11.5742	42.5134
8	3.367	-1.125	-3.0333	3.0023	0.7177	3.7736	0.0088	-0.066	0.0054	0.1992	-0.1076	-0.0873	-0.0332	-0.0047	0.0988	0.3259	-0.0304	-0.0605	0.2665	0.0078	0.2816	30.5493	-15.2189	53.9557
9	15.2592	7.7002	-9.9435	7.5635	-7.9137	8.7617	-0.1397	1.411	0.2819	-0.975	0.1493	-0.0323	0.7926	-0.4685	-0.0097	0.5328	0.0851	-0.1203	0.4746	0.024	0.3544	32.7804	-17.6474	31.5912
10	5.3713	-0.7006	-0.6873	2.9866	-1.1024	2.2562	0.054	0.3169	0.6148	-0.6287	0.1601	-0.3484	-0.1238	-0.0114	-0.2141	0.6137	0.027	-0.0012	0.6171	0.1321	0.4369	41.0967	-14.4057	28.0309
11	15.6037	0.9573	13.9088	8.5366	0.3885	12.4258	0.031	0.5254	0.0774	-1.145	-0.0908	0.2078	0.1066	0.4309	0.0598	0.838	-0.0564	0.0689	0.9266	0.0811	0.3539	40.5736	-19.2721	19.3726
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精密化 TLSグループ

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119	X-RAY DIFFRACTION	119	F	339 - 357
120	X-RAY DIFFRACTION	120	F	358 - 370

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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