PDB-3led: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3led

タイトル

Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III from Rhodopseudomonas palustris CGA009

要素

3-oxoacyl-acyl carrier protein synthase III

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III from Rhodopseudomonas palustris CGA009
著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3led.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3led.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3led.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3led ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3led	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bmr-d 5yzu-d 5yo9-d 6y32-1 3b0v-1 2d51-d 2p0u-d 3ov2-2 1o7p-d 4yjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC65203

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-acyl carrier protein synthase III

B: 3-oxoacyl-acyl carrier protein synthase III

ヘテロ分子

86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.997, 114.790, 60.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1273- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-acyl carrier protein synthase III 分子量: 43230.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: CGA009 / 遺伝子: RPA1298 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative 参照: UniProt: Q6NA87, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Sodium Formate, 20%PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 133666 / Num. obs: 133399 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 40.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / Num. unique all: 6522 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.895 / SU ML: 0.034 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.06
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16843	6711	5 %	RANDOM
R_work	0.14473	-	-	-
all	0.14593	133182	-	-
obs	0.14593	126471	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5721	0	6	1298	7025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.948	8517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.878	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.189	23.967	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.477	15	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.088	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.753	1.5	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.319	2	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.334	3	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.723	4.5	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	469	-
R_work	0.205	9148	-
obs	-	9617	97.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.624	0.255	0.1238	0.3754	-0.0116	0.2269	-0.0104	-0.0534	0.1263	-0.0483	0.012	0.0899	-0.0404	-0.0484	-0.0016	0.0198	0.0027	-0.0046	0.0155	0.0003	0.039	23.6715	30.1964	12.2162
2	1.7316	-0.2628	0.114	0.0427	-0.0302	0.2197	-0.0345	0.029	0.0002	0.0032	0.0065	0.0041	0.0441	0.0467	0.028	0.0296	0.0007	0.0091	0.0284	0.002	0.0344	58.9737	31.8458	13.9031
3	0.1494	0.1088	0.0362	0.1903	-0.0214	0.111	0.0024	-0.0025	0.0269	-0.0054	0.0138	0.0272	-0.0109	-0.0159	-0.0162	0.0126	-0.0047	0.0035	0.0158	-0.0005	0.0273	27.2801	22.7894	16.4888
4	0.0224	0.0402	-0.0066	0.0984	0.0913	0.4817	0.0002	-0.0014	-0.0093	-0.0116	0.012	-0.0168	0	0.0354	-0.0122	0.0234	-0.0086	0.0035	0.0296	-0.0024	0.0264	46.3086	12.3643	20.6966
5	0.4408	0.0353	-0.0102	0.1388	-0.1486	0.2141	-0.0149	0.0388	0.031	-0.0304	0.0363	0.0181	-0.0001	-0.0139	-0.0214	0.0323	-0.0169	-0.0078	0.028	0.0028	0.0128	27.809	25.3564	-2.9786
6	0.1993	0.2005	0.2061	0.3395	0.1042	0.334	0.0271	0.015	-0.0497	-0.0429	0.0328	-0.0052	0.1038	0.0164	-0.0599	0.0549	-0.0084	-0.0177	0.0274	0.0121	0.0422	27.4501	-8.6568	20.9193
7	0.3961	0.5236	0.6067	0.7212	0.7604	1.0359	0.0231	-0.0264	-0.0255	0.0035	0.0281	-0.0312	0.0024	-0.1206	-0.0511	0.0202	-0.0132	0.0112	0.0898	0.0097	0.0117	42.577	2.5577	49.7484
8	0.2294	0.0216	0.0513	0.1213	-0.0679	0.1001	0.0037	-0.013	-0.0254	-0.0254	0.0131	0.0094	0.0265	-0.0006	-0.0168	0.0214	-0.0153	-0.003	0.0211	0.0029	0.0178	29.6321	-0.4824	19.684
9	0.4986	0.3086	-0.1738	0.6066	-0.2249	0.146	0.0343	-0.0475	-0.0059	0.0352	-0.0317	-0.0285	-0.0262	-0.0059	-0.0026	0.0326	-0.0144	0.0088	0.0241	-0.0009	0.0188	37.7168	16.2101	33.1786
10	0.2233	0.2532	-0.084	0.4218	0.0259	0.1585	-0.0168	-0.0207	0.0165	-0.0029	0.0092	0.0596	0.0086	0.0464	0.0076	0.0201	-0.0115	0.0032	0.0261	0.0105	0.0436	13.684	-5.9222	29.844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	235 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	260 - 371
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	21 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	58 - 234
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	235 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	260 - 371

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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