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- PDB-3le7: Crystal structure of PD-L1 from P. dioica in complex with adenine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3le7
タイトルCrystal structure of PD-L1 from P. dioica in complex with adenine
要素Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2
キーワードHYDROLASE / ribosome / adenine / Disulfide bond / Glycoprotein / Plant defense / Protein synthesis inhibitor / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca dioica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ruggiero, A. / Berisio, R.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2010
タイトル: The role of the glycan moiety on the structure-function relationships of PD-L1, type 1 ribosome-inactivating protein from P. dioica leaves
著者: Severino, V. / Chambery, A. / Di Maro, A. / Marasco, D. / Ruggiero, A. / Berisio, R. / Giansanti, F. / Ippoliti, R. / Parente, A.
履歴
登録2010年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2
B: Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4407
ポリマ－58,5062
非ポリマー9345
水11,872659
1
A: Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8314
ポリマ－29,2531
非ポリマー5783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6093
ポリマ－29,2531
非ポリマー3562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.323, 32.159, 112.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-inactivating protein PD-L1/PD-L2 / rRNA N-glycosidase PD-L1/PD-L2


分子量: 29253.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phytolacca dioica (植物) / 参照: UniProt: P84853, rRNA N-glycosylase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16M sodium acetate trihydrate, 0.1M sodium cacodylate, 24% PEG8000, 3mM Adenine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 61167 / Num. obs: 56763 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
IlMilioneモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
IlMilione位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3h5k

3h5k


解像度: 1.65→9.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.173 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2167 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.214 48429 --
obs0.214 41131 84.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.47 Å2 / Biso mean: 16.817 Å2 / Biso min: 2.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.05 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→9.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 62 659 4821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0224289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6041.9785811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.995522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21425.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84115783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5091521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3030.26148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3830.23466
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2640.21462
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9571.52618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63324257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13431800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3974.51554
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 147 -
Rwork0.259 2740 -
obs--78.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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