PDB-3ldg: Crystal structure of SMU.472, a putative methyltransferase comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ldg

タイトル

Crystal structure of SMU.472, a putative methyltransferase complexed with SAH

要素

Putative uncharacterized protein SMU.472

キーワード

TRANSFERASE / SMU.472 / YpsC / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA (guanine-N2-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.963 Å

データ登録者

Wang, K.-T. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of SMU.472 complexed with SAH
著者: Wang, K.-T. / Su, X.-D.

履歴

登録	2010年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ldg.cif.gz	168.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ldg.ent.gz	133.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ldg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1xbw-d 3cb5-2 5a0p-d 4bfp-d 4z7f-2 3v3k-7 4wx7-d 6wmc-d 4bu7-d 5ioo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein SMU.472

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.251, 67.348, 91.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein SMU.472 分子量: 44020.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: SMU_472 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DVL0
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2% Dioxane, 0.1M Bicine pH9.0, 10% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 29593 / Num. obs: 29462 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.99 Å² / Net I/σ(I): 36.3
反射シェル	解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 5.8 % / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.963→37.555 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.813 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2453	1481	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1876	27829	-	-
obs	0.1905	29310	99.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.991 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.95 Å² / B_iso mean: 24.405 Å² / B_iso min: 6.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.963→37.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2968	0	26	398	3392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	4143
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.717	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9629-2.0263	0.2526	134	0.1743	2354	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0263-2.0987	0.4002	122	0.2821	2451	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0987-2.1827	0.2619	122	0.2021	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1827-2.2821	0.3121	144	0.2442	2461	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2821-2.4024	0.2608	137	0.1906	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4024-2.5528	0.2463	130	0.1964	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5528-2.7499	0.3078	146	0.2021	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7499-3.0265	0.2557	138	0.1899	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0265-3.4642	0.231	136	0.174	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4642-4.3635	0.1991	145	0.1577	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3635-37.562	0.1615	127	0.1471	2730	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4847	0.3851	-0.1873	1.5123	0.0739	-0.026	0.0677	-0.1089	0.0099	0.1256	-0.1265	0.0587	0.0033	0.0125	0.0461	0.0758	-0.0098	-0.006	0.0758	0.0149	0.0539	42.8133	53.975	33.151
2	0.5787	0.4473	-0.0494	0.4443	-0.0422	0.0065	-0.0538	-0.0162	0.0076	-0.0167	0.0123	0.012	-0.0437	0.0513	0.0363	0.0651	-0.0018	-0.0026	0.0497	0.0035	0.0538	64.4409	77.0964	33.4675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:171	A	1 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 177:380	A	177 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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