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万見
- PDB-3lde: High resolution open MthK pore structure crystallized in 100 mM K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lde
タイトルHigh resolution open MthK pore structure crystallized in 100 mM K+ and further soaked in 100 mM Na+.
要素Calcium-gated potassium channel mthK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transmembrane / ion channel / open conformation / potassium / ion transport / Alternative initiation / Cell membrane / Ionic channel / Membrane / Metal-binding / Potassium transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain ...: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.208 Å
データ登録者Ye, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Novel insights into K(+) selectivity from high-resolution structures of an open K(+) channel pore.
著者: Ye, S. / Li, Y. / Jiang, Y.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1275
ポリマ－9,0351
非ポリマー924
水48627
1
A: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,50620
ポリマ－36,1384
非ポリマー36816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.818, 60.818, 44.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

NA

21A-2-

NA

31A-3-

NA

41A-4-

NA

51A-100-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-gated potassium channel mthK


分子量: 9034.582 Da / 分子数: 1 / 断片: MthK K+ channel, residues 28-99 / 変異: S68H, V77C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: mthK, MTH_1520 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.0-3.5 M 1,6-Hexandiol, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 4536 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 214 / Rsym value: 0.978 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MthK pore crystallized in 100 mM K+

解像度: 2.208→31.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.223 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20757 434 9.6 %RANDOM
Rwork0.20204 ---
obs0.20257 4081 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.208→31.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数640 0 4 27 671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.954911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.395581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.12621.36422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3871596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.824152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3050.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.5405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8972663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4243273
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2664.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.208→2.265 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 40 -
Rwork0.228 279 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4382 Å / Origin y: -3.2797 Å / Origin z: 18.2111 Å
111213212223313233
T-0.0158 Å2-0.0059 Å20.0053 Å2--0.0058 Å2-0.0022 Å2--0.0156 Å2
L0.5176 °20.7177 °2-0.3684 °2-0.9968 °2-0.5468 °2--1.0293 °2
S0.0592 Å °0.0115 Å °0.057 Å °0.0684 Å °-0.0356 Å °0.0686 Å °0.0093 Å °-0.0493 Å °-0.0236 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 42
2X-RAY DIFFRACTION1A43 - 68
3X-RAY DIFFRACTION1A69 - 83
4X-RAY DIFFRACTION1A84 - 99
5X-RAY DIFFRACTION1A1
6X-RAY DIFFRACTION1A2
7X-RAY DIFFRACTION1A3
8X-RAY DIFFRACTION1A4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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