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- PDB-3ld0: Crystal structure of B.licheniformis Anti-TRAP protein, an antago... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3ld0
タイトルCrystal structure of B.licheniformis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions
要素Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
キーワードGENE REGULATION / Anti-TRAP / AT / TRAP / tryptophan RNA-binding attenuation protein / transcription attenuation / antitermination / transcription factors / tryptophan biosynthesis regulation
機能・相同性Chaperone, DNAj Protein; Chain A / Chaperone, DNAj Protein; Chain A - #10 / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Other non-globular / Special / metal ion binding / Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Isupov, M.N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Bacillus licheniformis Anti-TRAP can assemble into two types of dodecameric particles with the same symmetry but inverted orientation of trimers.
著者: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Isupov, M.N. / Leech, A. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
B: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
C: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
D: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
E: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
F: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
G: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
H: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
I: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
J: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
K: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
L: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
M: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
N: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
O: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
P: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
Q: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
R: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
S: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
T: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
U: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
V: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
W: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
X: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
Y: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
Z: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
1: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
2: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
3: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
4: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
5: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
6: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
7: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
8: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
9: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
a: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
b: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
c: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
d: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
e: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
f: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
g: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
h: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
i: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
j: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
k: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
l: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
m: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,126112
ポリマ－275,59848
非ポリマー3,52964
水24,0501335
1
A: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
B: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
C: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
D: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
E: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
F: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
G: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
H: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
I: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
J: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
K: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
L: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,78228
ポリマ－68,89912
非ポリマー88216
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27590 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
2
M: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
N: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
O: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
P: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
Q: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
R: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
S: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
T: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
U: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
V: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
W: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
X: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,78228
ポリマ－68,89912
非ポリマー88216
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27390 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area24180 Å2
手法PISA
3
Y: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
Z: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
1: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
2: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
3: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
4: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
5: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
6: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
7: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
8: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
9: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
a: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,78228
ポリマ－68,89912
非ポリマー88216
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27450 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
4
b: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
c: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
d: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
e: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
f: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
g: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
h: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
i: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
j: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
k: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
l: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
m: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,78228
ポリマ－68,89912
非ポリマー88216
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27700 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.544, 99.865, 123.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ...
Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA / YczA


分子量: 5741.617 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: 5A32 / 遺伝子: BL05022, BLi00308, rtpA, rtpA (YczA), yczA / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3) competent cells / 参照: UniProt: Q65NU7
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0-8.5 buffer, 0.2 M of MgCl2 salt and 20-25 % of poly(ethylene) glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.2 Å / Num. all: 128982 / Num. obs: 128724 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 18742 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0008精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2bx9

2bx9


解像度: 2.2→29.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 13.811 / SU ML: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 1300 1 %RANDOM
Rwork0.19383 ---
obs0.19449 127405 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.288 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19034 0 64 1335 20433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02219706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.204226559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.69352507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.9526.06731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.451153519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.7551548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.23079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.39655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.513813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.51904
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3230.565
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8421.513081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.705220605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.10237060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3954.55945
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 88 -
Rwork0.227 9293 -
obs-9011 99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4581-0.1408-0.03730.4301-0.1050.7558-0.0307-0.0165-0.04220.0391-0.0101-0.0416-0.01140.010.0409-0.0498-0.0266-0.0234-0.0826-0.0214-0.0438-49.967311.697518.7544
20.2907-0.107-0.01790.3165-0.14240.5416-0.0134-0.0752-0.03670.10680.00920.01540.03760.00680.0042-0.12940.0020.0142-0.06230.0011-0.0735-69.60160.278511.028
30.6656-0.0925-0.06690.50790.03770.42440.02170.0010.05390.0997-0.0011-0.0290.01850.0549-0.0206-0.07480.0265-0.0179-0.07560.0273-0.0732-50.5809-12.385218.8402
40.3093-0.20450.18360.5755-0.06650.44870.0301-0.0260.10550.0891-0.0304-0.1049-0.04480.17510.0003-0.08550.01310.0123-0.01960.0032-0.0535-49.3894-0.2398-1.9568
50.3170.05290.15060.92040.1950.6570.02150.01520.06610.052-0.00840.05870.0019-0.057-0.0131-0.0242-0.01380.0333-0.0096-0.0055-0.0504-97.218636.944357.3221
60.4613-0.10130.05770.7517-0.07581.05530.0139-0.06320.04990.0421-0.01660.04920.0193-0.09860.0027-0.0661-0.0238-0.0071-0.0708-0.0183-0.0533-98.434624.645636.7364
70.24040.14670.01530.88560.14620.5765-0.00990.0323-0.0115-0.02720.0452-0.1501-0.08730.0742-0.0353-0.0803-0.00840.02940.045-0.01480.0233-78.29536.756942.4913
80.37480.14760.00640.72280.30821.0812-0.0140.04090.0098-0.0941-0.02890.0409-0.1189-0.02210.04290.0010.0152-0.0121-0.03910.0111-0.0145-98.309748.548536.2222
90.3883-0.1247-0.1330.593-0.1090.82730.0009-0.073-0.07070.1068-0.0261-0.0726-0.01180.0140.0251-0.0252-0.0478-0.0359-0.0673-0.003-0.05888.5512-1.023919.1179
100.3653-0.1182-0.00630.8612-0.1370.52660.004-0.0794-0.02670.1481-0.0330.0672-0.0423-0.00680.029-0.1375-0.01190.0137-0.0702-0.011-0.0542-10.7479-12.797210.8421
110.58480.14340.13170.63640.0870.55620.02740.02940.07830.0837-0.0483-0.1289-0.00120.12090.0209-0.03130.0223-0.02-0.05610.0332-0.03888.5861-25.031518.8946
120.1071-0.11680.16030.7868-0.00780.57530.0218-0.05570.0130.0685-0.0242-0.08720.0070.14230.0023-0.1060.00840.0159-0.04650.0139-0.05429.7498-12.9069-1.7115
130.34510.17260.0150.65840.15310.56210.0249-0.01220.09290.0377-0.00060.0598-0.0147-0.0704-0.02430.018-0.00630.02650.0187-0.0118-0.0339-38.036849.502257.1191
140.413-0.01950.02730.78940.02891.17910.0143-0.12910.01320.1280.0084-0.00170.0078-0.0976-0.0228-0.0808-0.0165-0.0189-0.0649-0.0267-0.0508-38.462737.378536.5059
150.20240.0059-0.05910.72150.24630.7574-0.0153-0.0161-0.00480.00750.0814-0.1108-0.09860.0933-0.0661-0.0613-0.0180.01560.0323-0.03650.0044-19.321750.604542.2207
160.23020.13140.07490.72140.29011.19570.0142-0.0160.0266-0.0261-0.03340.0329-0.1917-0.08580.01920.01470.04960.0058-0.01860.0116-0.0074-40.018561.384636.2592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 53
2X-RAY DIFFRACTION1C201 - 253
3X-RAY DIFFRACTION1B101 - 153
4X-RAY DIFFRACTION2E101 - 153
5X-RAY DIFFRACTION2D1 - 53
6X-RAY DIFFRACTION2F201 - 253
7X-RAY DIFFRACTION3I201 - 253
8X-RAY DIFFRACTION3H101 - 152
9X-RAY DIFFRACTION3G1 - 52
10X-RAY DIFFRACTION4K101 - 153
11X-RAY DIFFRACTION4J1 - 53
12X-RAY DIFFRACTION4L201 - 253
13X-RAY DIFFRACTION5M1 - 53
14X-RAY DIFFRACTION5O201 - 253
15X-RAY DIFFRACTION5N101 - 152
16X-RAY DIFFRACTION6Q101 - 153
17X-RAY DIFFRACTION6P1 - 53
18X-RAY DIFFRACTION6R201 - 253
19X-RAY DIFFRACTION7S1 - 53
20X-RAY DIFFRACTION7U201 - 253
21X-RAY DIFFRACTION7T101 - 153
22X-RAY DIFFRACTION8X201 - 253
23X-RAY DIFFRACTION8W101 - 153
24X-RAY DIFFRACTION8V1 - 53
25X-RAY DIFFRACTION9Y1 - 53
26X-RAY DIFFRACTION91201 - 253
27X-RAY DIFFRACTION9Z101 - 152
28X-RAY DIFFRACTION103101 - 153
29X-RAY DIFFRACTION1021 - 52
30X-RAY DIFFRACTION104201 - 252
31X-RAY DIFFRACTION1151 - 53
32X-RAY DIFFRACTION117201 - 253
33X-RAY DIFFRACTION116101 - 153
34X-RAY DIFFRACTION129101 - 153
35X-RAY DIFFRACTION1281 - 53
36X-RAY DIFFRACTION12a201 - 253
37X-RAY DIFFRACTION13c101 - 153
38X-RAY DIFFRACTION13b1 - 53
39X-RAY DIFFRACTION13d201 - 253
40X-RAY DIFFRACTION14e1 - 53
41X-RAY DIFFRACTION14g201 - 253
42X-RAY DIFFRACTION14f101 - 153
43X-RAY DIFFRACTION15i101 - 153
44X-RAY DIFFRACTION15h1 - 53
45X-RAY DIFFRACTION15j201 - 253
46X-RAY DIFFRACTION16k1 - 53
47X-RAY DIFFRACTION16m201 - 253
48X-RAY DIFFRACTION16l101 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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