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万見
- PDB-3lcv: Crystal Structure of Antibiotic related Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcv
タイトルCrystal Structure of Antibiotic related Methyltransferase
要素Sisomicin-gentamicin resistance methylase Sgm
キーワードTRANSFERASE / Antibiotic Resistance / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (guanine1405-N7)-methyltransferase / rRNA methyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA aminoglycoside-resistance methyltransferase, Gram-negative bacteria / Ribosomal RNA aminoglycoside-resistance methyltransferase / Ribosomal RNA methyltransferase (FmrO) / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Ribosomal RNA aminoglycoside-resistance methyltransferase, Gram-negative bacteria / Ribosomal RNA aminoglycoside-resistance methyltransferase / Ribosomal RNA methyltransferase (FmrO) / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / 16S rRNA (guanine(1405)-N(7))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora zionensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Husain, N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the methylation of G1405 in 16S rRNA by aminoglycoside resistance methyltransferase Sgm from an antibiotic producer: a diversity of active sites in m7G methyltransferases.
著者: Husain, N. / Tkaczuk, K.L. / Tulsidas, S.R. / Kaminska, K.H. / Cubrilo, S. / Maravic-Vlahovicek, G. / Bujnicki, J.M. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sisomicin-gentamicin resistance methylase Sgm
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2642
ポリマ－31,8661
非ポリマー3981
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.446, 68.358, 52.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sisomicin-gentamicin resistance methylase Sgm / methyltransferase


分子量: 31865.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora zionensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7M0R2
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: Hanging Drop, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9790, 0.9798, 0.9600
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97981
30.961
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 33856 / Num. obs: 31473 / % possible obs: 93 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 2400 7.1 %
Rwork0.233 --
obs-30458 90 %
溶媒の処理Bsol: 52.823 Å2
原子変位パラメータBiso max: 124.01 Å2 / Biso mean: 32.691 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.479 Å20 Å2-2.454 Å2
2--7.409 Å20 Å2
3----14.888 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 0 27 181 2259
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3sam.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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