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- PDB-3lcb: The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcb
タイトルThe crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase in complex with its substrate, isocitrate dehydrogenase, from Escherichia coli.
要素(Isocitrate dehydrogenase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / KINASE PHOSPHATASE / GLYOXYLATE BYPASS / HYDROLASEPROTEIN PHOSPHATASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE / Isocitrate
機能・相同性
機能・相同性情報


[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / AMP binding / tricarboxylic acid cycle / phosphoprotein phosphatase activity ...[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / AMP binding / tricarboxylic acid cycle / phosphoprotein phosphatase activity / electron transport chain / glucose metabolic process / NAD binding / response to oxidative stress / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase kinasephosphatase / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), kinase domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK) kinase domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. ...Isocitrate dehydrogenase kinasephosphatase / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), kinase domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK) kinase domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase / Isocitrate dehydrogenase [NADP] / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zheng, J. / Jia, Z.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of the bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase.
著者: Zheng, J. / Jia, Z.
履歴
登録2010年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,02410
ポリマ－227,2664
非ポリマー1,7576
水37821
1
A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
ヘテロ分子

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5125
ポリマ－113,6332
非ポリマー8793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area42960 Å2
手法PISA
2
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5125
ポリマ－113,6332
非ポリマー8793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43150 Å2
手法PISA
3
A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子

A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子

A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)687,07130
ポリマ－681,79912
非ポリマー5,27218
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area60790 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area223700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.801, 196.801, 156.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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Isocitrate dehydrogenase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase / IDH kinase/phosphatase / IDHK/P


分子量: 67823.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: aceK, ECH74115_5487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3
参照: UniProt: B5Z0A8, UniProt: Q8X607*PLUS, [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] / IDH / Oxalosuccinate decarboxylase / NADP(+)-specific ICDH / IDP


分子量: 45809.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1136, icd, icdA, icdE, icdh, JW1122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P08200, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 4種, 27分子

#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 300, 0.1M MES, 0.05M magnesium chloride, 0.002M DTT,10% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9879 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.698
11K, H, -L20.302
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 75640 / Num. obs: 38980 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3863 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 35.864 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3778 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 -98.15 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.73 Å2 / Biso mean: 71.363 Å2 / Biso min: 33.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.82 Å20 Å20 Å2
2---3.82 Å20 Å2
3---7.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15640 0 110 21 15771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02216129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.96721866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38751938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9823.593782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.494152762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.85115125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7181.59686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.294215631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0236443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7554.56235
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.657315988
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 244 -
Rwork0.346 4986 -
all-5230 -
obs--92.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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