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万見
- PDB-3lc7: Crystal Structure of apo Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lc7
タイトルCrystal Structure of apo Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 (GAPDH1) from methicllin resistant Staphylococcus aureus (MRSA252)
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 from methicillin-resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provides novel insights into substrate binding and catalytic mechanism.
著者: Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.
履歴
登録2010年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5966
ポリマ－146,4124
非ポリマー1842
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15110 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area44540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.288, 94.937, 86.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11O
21R
31Q
12O
22P

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALARGARGOA5 - 198 - 22
211VALVALARGARGRB5 - 198 - 22
311VALVALARGARGQC5 - 198 - 22
121VALVALVALVALOA30 - 6033 - 63
221VALVALVALVALRB30 - 6033 - 63
321VALVALVALVALQC30 - 6033 - 63
131ARGARGSERSEROA66 - 7469 - 77
231ARGARGSERSERRB66 - 7469 - 77
331ARGARGSERSERQC66 - 7469 - 77
141GLUGLUILEILEOA95 - 11098 - 113
241GLUGLUILEILERB95 - 11098 - 113
341GLUGLUILEILEQC95 - 11098 - 113
151LYSLYSGLYGLYOA116 - 125119 - 128
251LYSLYSGLYGLYRB116 - 125119 - 128
351LYSLYSGLYGLYQC116 - 125119 - 128
161ILEILEASNASNOA130 - 135133 - 138
261ILEILEASNASNRB130 - 135133 - 138
361ILEILEASNASNQC130 - 135133 - 138
171ASPASPASNASNOA140 - 185143 - 188
271ASPASPASNASNRB140 - 185143 - 188
371ASPASPASNASNQC140 - 185143 - 188
181ARGARGVALVALOA198 - 247201 - 250
281ARGARGVALVALRB198 - 247201 - 250
381ARGARGVALVALQC198 - 247201 - 250
191SERSERTHRTHROA270 - 295273 - 298
291SERSERTHRTHRRB270 - 295273 - 298
391SERSERTHRTHRQC270 - 295273 - 298
1101ALAALATYRTYROA312 - 330315 - 333
2101ALAALATYRTYRRB312 - 330315 - 333
3101ALAALATYRTYRQC312 - 330315 - 333
112VALVALGLUGLUOA5 - 598 - 62
212VALVALGLUGLUPD5 - 598 - 62
122ARGARGSERSEROA66 - 7469 - 77
222ARGARGSERSERPD66 - 7469 - 77
132SERSERASNASNOA120 - 185123 - 188
232SERSERASNASNPD120 - 185123 - 188
142ARGARGGLUGLUOA198 - 275201 - 278
242ARGARGGLUGLUPD198 - 275201 - 278
152VALVALMETMETOA279 - 300282 - 303
252VALVALMETMETPD279 - 300282 - 303
162VALVALTYRTYROA310 - 330313 - 333
262VALVALTYRTYRPD310 - 330313 - 333

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 / GAPDH 1


分子量: 36603.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: gap, gap1, gapA, gapA1, SAR0828 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q6GIL8, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH:8.5, 32% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月19日 / 詳細: Varimax mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.494→83.311 Å / Num. all: 34746 / Num. obs: 34746 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.49→2.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 4921 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H48

3h48
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / WRfactor Rfree: 0.216 / WRfactor Rwork: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 17.312 / SU ML: 0.27 / SU R Cruickshank DPI: 0.256 / SU Rfree: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 354 1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 34621 99.89 %-
all-34621 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.78 Å2 / Biso mean: 40.942 Å2 / Biso min: 3.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20 Å2-0.62 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10075 0 12 132 10219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.95713819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.01251322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.49625.407455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.319151751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.011554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.56565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4412.510543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.80853642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.45103276
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11O912TIGHT POSITIONAL0.110.05
12R912TIGHT POSITIONAL0.080.05
13Q912TIGHT POSITIONAL0.080.05
11O792MEDIUM POSITIONAL0.110.5
12R792MEDIUM POSITIONAL0.080.5
13Q792MEDIUM POSITIONAL0.080.5
11O912TIGHT THERMAL0.220.5
12R912TIGHT THERMAL0.160.5
13Q912TIGHT THERMAL0.150.5
11O792MEDIUM THERMAL0.222
12R792MEDIUM THERMAL0.172
13Q792MEDIUM THERMAL0.172
21O1000TIGHT POSITIONAL0.080.05
21O878MEDIUM POSITIONAL0.10.5
21O1000TIGHT THERMAL0.160.5
21O878MEDIUM THERMAL0.192
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 31 -
Rwork0.194 2472 -
all-2503 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8914-0.4702-0.13830.86-0.08250.4066-0.00520.032-0.0581-0.0007-0.02320.02560.0858-0.05310.02840.0223-0.01580.00680.0159-0.01090.0139-6.8793-9.118333.71
20.8683-0.27470.01360.48110.18960.46620.0551-0.0975-0.12210.0594-0.0031-0.0239-0.02260.0654-0.0520.029-0.0262-0.0130.04180.0290.066928.698-22.635638.4984
30.7120.2162-0.2170.4556-0.00741.2366-0.06790.0874-0.1912-0.07550.02860.01060.3643-0.14310.03930.1357-0.05370.01310.0933-0.05090.09494.6013-34.86628.237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1O1 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2R1 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3Q-2 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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