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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lba | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of smu.1229 from Streptococcus mutans UA159 bound to hypoxanthine | ||||||
![]() | Putative purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / punA / Glycosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Su, X.-D. / Hou, Q.M. / Wang, H.F. / Liu, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of smu.1229 from Streptococcus mutans UA159 bound to hypoxanthine 著者: Su, X.-D. / Hou, Q.M. / Wang, H.F. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32431.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UA159 / 遺伝子: smu.1229 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HPA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.15M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→63 Å / Num. all: 15986 / Num. obs: 15986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.36 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.1 Å2 / Biso mean: 34.225 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→34.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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