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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lah | ||||||
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タイトル | Structural insights into the molecular mechanism of H-NOX activation | ||||||
要素 | Methyl-accepting chemotaxis protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Olea Jr, C. / Herzik Jr, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010 タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of H-NOX activation. 著者: Olea, C. / Herzik, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lah.cif.gz | 93.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lah.ent.gz | 71.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lah_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lah_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3lah_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lah_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3lah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3lah | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21966.406 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-188 / 変異: H102G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 遺伝子: Tar4, TTE0680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBX6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28% (w/v) PEG 3350, 0.25 M magnesium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: Asymmetric Curved Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9765 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44.6 Å / Num. obs: 62250 / % possible obs: 97.5 % |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 80.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.6 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.554 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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