PDB-3la3: Crystal structure of NtcA in complex with 2,2-difluoropentanedioi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3la3

タイトル

Crystal structure of NtcA in complex with 2,2-difluoropentanedioic acid

要素

Global nitrogen regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / nitrogen regulator / Activator / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Anabaena (バクテリア)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhao, M.X. / Jiang, Y.L. / He, Y.X. / Chen, Y.F. / Teng, Y.B. / Chen, Y.X. / Zhang, C.C. / Zhou, C.Z.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the allosteric control of the global transcription factor NtcA by the nitrogen starvation signal 2-oxoglutarate.
著者: Zhao, M.X. / Jiang, Y.L. / He, Y.X. / Chen, Y.F. / Teng, Y.B. / Chen, Y.X. / Zhang, C.C. / Zhou, C.Z.

履歴

登録	2010年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3la3.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3la3.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3la3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3la3_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3la3_full_validation.pdf.gz	478.2 KB	表示
XML形式データ	3la3_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3la3_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3la3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3la3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3la2C 3la7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3la2-d 2aop-d 3cm1-d 6c3y-d 4gep-d 3ndc-d 4g38-d 1u8x-d 1aop-d 4htr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (11) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Global nitrogen regulator

B: Global nitrogen regulator

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.030, 70.080, 149.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Global nitrogen regulator / DNA-binding protein VF1 / Nitrogen-responsive regulatory protein 分子量: 27122.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr4392, bifA, ntcA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A4U6
#2: 化合物	ChemComp-2FT / 2,2-difluoropentanedioic acid 分子量: 168.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆F₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.05M (NH4)2SO4, 25% pentaerythritol ethoxylate (3/4, EO/OH), pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418, 0.9792, 0.9795, 0.9700

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月28日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.9792	1
3	0.9795	1
4	0.97	1

反射

解像度: 2.4→149.07 Å / Num. obs: 27164 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 58.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 18.4

反射シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3632 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 13.472 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25267	1373	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21119	-	-	-
obs	0.21328	25791	94.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.242 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3109	0	22	160	3291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.302	2.002	4326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.705	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.506	22.891	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.942	15	611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.856	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.297	2	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.896	3	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.218	4.5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	91	-
R_work	0.288	1717	-
obs	-	-	86.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7317	0.1762	-0.0576	2.8408	0.0394	1.5442	0.0761	-0.0227	0.0376	0.1407	-0.0478	-0.1793	-0.0523	0.1539	-0.0284	0.0885	-0.0238	-0.0252	0.1379	-0.0072	0.0223	5.432	24.399	27.6
2	2.4722	0.6006	-0.061	1.1773	0.1746	1.0479	0.0486	0.0998	0.1212	-0.0531	-0.026	0.0325	-0.1405	-0.0077	-0.0225	0.0523	0.0188	-0.0036	0.1446	0.0224	0.012	-3.928	27.133	6.722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	116 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	142 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	116 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	142 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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