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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l9f | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of smu.1604c from Streptococcus mutans UA159 | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein smu.1604c | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATOR / PadR | ||||||
機能・相同性 | ![]() Helix Hairpins - #1570 / Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Helix Hairpins - #1570 / Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Su, X.-D. / Liu, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of smu.1604c from Streptococcus mutans UA159 著者: Su, X.-D. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23436.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UA159 / 遺伝子: smu.1604c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.0, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 72518 / Num. obs: 72445 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 17.07 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.167 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.35 Å2 / Biso mean: 20.3402 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.041 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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