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- PDB-3l9d: The Crystal Structure of smu.1046c from Streptococcus mutans UA159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9d
タイトルThe Crystal Structure of smu.1046c from Streptococcus mutans UA159
要素Putative GTP pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / GTP pyrophosphokinase / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase / : / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich ...Nucleotidyltransferase / : / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTP pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.484 Å
データ登録者Su, X.-D. / Huang, Y.H. / Liu, X.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of smu.1046c from Streptococcus mutans UA159
著者: Su, X.-D. / Huang, Y.H. / Liu, X.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GTP pyrophosphokinase
B: Putative GTP pyrophosphokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7522
ポリマ－59,7522
非ポリマー00
水2,306128
1
A: Putative GTP pyrophosphokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8761
ポリマ－29,8761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative GTP pyrophosphokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8761
ポリマ－29,8761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.006, 103.327, 64.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-263-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative GTP pyrophosphokinase / smu.1046c


分子量: 29876.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: smu.1046c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DU97, GTP diphosphokinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG 1000, 0.1mM KCl, 0.1mM HEPES Na pH 7.0, 0.02mM MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.484→62.06 Å / Num. obs: 17850 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 31.55 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.484 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BE3

2be3


解像度: 2.484→38.81 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.7851 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1546 10.01 %
Rwork0.1885 13901 -
obs0.196 15447 86.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.538 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.94 Å2 / Biso mean: 37.3679 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7855 Å2-0 Å24.1854 Å2
2---11.6783 Å2-0 Å2
3---14.4638 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.484→38.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3216 0 0 128 3344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1274407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1651259
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4845-2.56460.3574690.242165172045
2.5646-2.65630.3427960.2268941103764
2.6563-2.76260.31041280.21541141126979
2.7626-2.88830.34771500.24371297144791
2.8883-3.04050.29821590.22451373153293
3.0405-3.23090.29941520.20071348150094
3.2309-3.48020.2711500.18071391154195
3.4802-3.83020.26861570.16851407156497
3.8302-4.38380.20171620.14721433159597
4.3838-5.52060.21441630.14971462162599
5.5206-38.8150.24791600.19591457161798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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