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- PDB-3l95: Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l95
タイトルCrystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody
要素
  • (anti-NRR1 fab fragment ...) x 2
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / NRR / fab fragment / antibody / ALPHA-BETA-SANDWICH / SEA DOMAIN / LNR / LIN12 NOTCH CYSTEINE-RICH / HD DOMAIN / CELL CYCLE / SIGNALING PROTEIN / Activator / ANK repeat / Cell membrane / Developmental protein / Differentiation / EGF-like domain / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Notch signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation ...Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / mesenchymal cell development / negative regulation of collagen biosynthetic process / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / left/right axis specification / somatic stem cell division / interleukin-17-mediated signaling pathway / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of catalytic activity / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / tube formation / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of stem cell proliferation / heart trabecula morphogenesis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / luteolysis / endoderm development / prostate gland epithelium morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / transcription regulator activator activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of stem cell differentiation / astrocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / positive regulation of Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / de Leon, G.P.
引用ジャーナル: Nature / : 2010
タイトル: Therapeutic antibody targeting of individual Notch receptors.
著者: Wu, Y. / Cain-Hom, C. / Choy, L. / Hagenbeek, T.J. / de Leon, G.P. / Chen, Y. / Finkle, D. / Venook, R. / Wu, X. / Ridgway, J. / Schahin-Reed, D. / Dow, G.J. / Shelton, A. / Stawicki, S. / ...著者: Wu, Y. / Cain-Hom, C. / Choy, L. / Hagenbeek, T.J. / de Leon, G.P. / Chen, Y. / Finkle, D. / Venook, R. / Wu, X. / Ridgway, J. / Schahin-Reed, D. / Dow, G.J. / Shelton, A. / Stawicki, S. / Watts, R.J. / Zhang, J. / Choy, R. / Howard, P. / Kadyk, L. / Yan, M. / Zha, J. / Callahan, C.A. / Hymowitz, S.G. / Siebel, C.W.
履歴
登録2010年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-NRR1 fab fragment light chain
B: anti-NRR1 fab fragment heavy chain
X: Neurogenic locus notch homolog protein 1
L: anti-NRR1 fab fragment light chain
H: anti-NRR1 fab fragment heavy chain
Y: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,12114
ポリマ-149,3606
非ポリマー7618
1,45981
1
A: anti-NRR1 fab fragment light chain
B: anti-NRR1 fab fragment heavy chain
X: Neurogenic locus notch homolog protein 1
H: anti-NRR1 fab fragment heavy chain
Y: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,78313
ポリマ-126,0225
非ポリマー7618
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area28910 Å2
手法PISA
2
X: Neurogenic locus notch homolog protein 1
L: anti-NRR1 fab fragment light chain
H: anti-NRR1 fab fragment heavy chain
Y: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,44611
ポリマ-101,7814
非ポリマー6657
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area27960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.254, 163.934, 179.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21L
12B
22H
13A
23L
14B
24H
15X
25Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 107
2114L1 - 107
1124B1 - 111
2124H1 - 111
1134A108 - 212
2134L108 - 212
1144B112 - 214
2144H112 - 214
1156X1461 - 1721
2156Y1461 - 1721

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ALBH

#1: 抗体 anti-NRR1 fab fragment light chain


分子量: 23337.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic antibody generated with phage display / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 anti-NRR1 fab fragment heavy chain


分子量: 24241.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic antibody generated with phage display / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / , 2種, 3分子 XY

#3: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1 / Notch 1 extracellular truncation / ...Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1 / Notch 1 extracellular truncation / Notch 1 intracellular domain


分子量: 27100.951 Da / 分子数: 2 / Fragment: Negative regulatory region (NRR1) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Protein selected by phage display / 遺伝子: human Notch 1, NOTCH1, TAN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46531
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 88分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR ...詳細: Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→30 Å / Num. all: 71794 / Num. obs: 69923 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.32 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.496 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb 2OO4, fab fragment
解像度: 2.19→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 17.318 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27076 6979 10 %RANDOM
Rwork0.22233 ---
obs0.22721 62930 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.279 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3---1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9986 0 39 81 10106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.94114012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8213.00616619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87251302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23624.568451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.618151590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1491543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.26794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.24950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.25539
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.219
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3972.56708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.572.52654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.579510463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2022.54187
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.19953548
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A1373medium positional0.420.5
2B1542medium positional0.390.5
3A1366medium positional0.410.5
4B1224medium positional0.420.5
5X2697loose positional0.595
1A1373medium thermal0.562
2B1542medium thermal0.62
3A1366medium thermal0.32
4B1224medium thermal0.392
5X2697loose thermal3.2210
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.235 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 322 -
Rwork0.295 3061 -
obs--81.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4419-0.20740.22541.10340.34980.73210.0340.09430.101-0.0582-0.04980.0322-0.08160.00480.0158-0.1362-0.00230.0086-0.1808-0.014-0.0868-12.1002-25.43321.3977
23.71990.39450.33810.61120.03231.17230.0168-0.4188-0.02730.0456-0.0514-0.0075-0.0447-0.01270.0347-0.1511-0.00290.0028-0.1338-0.0159-0.2433-4.0428-30.979528.449
33.43991.7021-1.57261.6613-1.80685.4864-0.0091-0.00240.19960.21540.2959-0.0378-0.5495-0.6572-0.28680.01210.09590.0371-0.0027-0.018-0.1758-2.5366-30.885563.3461
41.7346-0.3479-0.23121.22110.25721.3379-0.0369-0.2490.0204-0.0798-0.01470.0208-0.0384-0.0030.0516-0.0593-0.0017-0.0276-0.1216-0.08080.0171-18.488320.112616.418
52.70950.66811.08913.2052-0.50495.2128-0.165-0.5337-0.34040.05240.0125-0.26460.6946-0.12820.15250.0690.11430.06220.2230.00020.0234-26.18489.276143.0114
64.56292.8562-1.82592.5132-2.32999.0204-0.11070.1923-0.197-0.2396-0.2474-0.20521.4866-0.31690.35810.62640.33220.03790.2958-0.06460.1061-28.6178-2.056674.9825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1447 - 1727
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 111
4X-RAY DIFFRACTION3A107 - 212
5X-RAY DIFFRACTION3B112 - 214
6X-RAY DIFFRACTION4Y1461 - 1726
7X-RAY DIFFRACTION5L1 - 106
8X-RAY DIFFRACTION5H1 - 111
9X-RAY DIFFRACTION6L107 - 212
10X-RAY DIFFRACTION6H112 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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