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- PDB-3l8r: The crystal structure of PtcA from S. mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8r
タイトルThe crystal structure of PtcA from S. mutans
要素Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
キーワードTRANSFERASE / PTS / Helix / PtcA
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lei, J. / Liu, X. / Li, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of PtcA from Streptococcus mutans
著者: Lei, J. / Liu, X. / Li, L. / Su, X.
履歴
登録2010年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
B: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
C: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
D: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
E: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
F: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
G: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
H: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8598
ポリマ－107,8598
非ポリマー00
水4,936274
1
A: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
B: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
C: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4473
ポリマ－40,4473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
2
D: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
E: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component
F: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4473
ポリマ－40,4473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
3
G: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component

G: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component

G: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4473
ポリマ－40,4473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
4
H: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component

H: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component

H: Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4473
ポリマ－40,4473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.400, 127.400, 190.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-107-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative PTS system, cellobiose-specific IIA component / PtcA


分子量: 13482.329 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: ptcA, SMU_1598 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)3
参照: UniProt: Q8DT03, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES 7.5, 2.0M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.4 Å / Num. obs: 39798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E2A

1e2a


解像度: 2.5→19.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.778 / SU B: 9.774 / SU ML: 0.222 / SU R Cruickshank DPI: 0.427 / SU Rfree: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2027 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.24 39810 --
obs0.212 39798 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.35 Å2 / Biso mean: 28.761 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6549 0 0 274 6823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.811.9628898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9915810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.64626.439337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.467151329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9041524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8511.54059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70526518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92932555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8534.52379
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 138 -
Rwork0.254 2749 -
all-2887 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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