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万見
- PDB-3l8p: Crystal structure of cytoplasmic kinase domain of Tie2 complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8p
タイトルCrystal structure of cytoplasmic kinase domain of Tie2 complexed with inhibitor CEP11207
要素Angiopoietin-1 receptor
キーワードTRANSFERASE / receptor tyrosine kinase / cytoplasmic kinase domain / Tie2 / inhibitor CEP11207 / ATP-binding / Disease mutation / Glycoprotein / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of vascular permeability / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / sprouting angiogenesis / endothelial cell proliferation / positive regulation of Rho protein signal transduction ...Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of vascular permeability / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / sprouting angiogenesis / endothelial cell proliferation / positive regulation of Rho protein signal transduction / microvillus / positive regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Tie2 Signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / cellular response to mechanical stimulus / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / cell-cell junction / cell-cell signaling / signaling receptor activity / heart development / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / basolateral plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / apical plasma membrane / membrane raft / focal adhesion / centrosome / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / : / EGF-like domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / : / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0CE / Angiopoietin-1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Pauletti, D. / Meyer, S.L. / Hudkins, R.L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cytoplasmic kinase domain of Tie2 complexed with inhibitor CEP11207
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Pauletti, D. / Meyer, S.L. / Hudkins, R.L. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7062
ポリマ－36,2531
非ポリマー4531
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.602, 85.602, 107.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-1 receptor / Tyrosine-protein kinase receptor TIE-2 / hTIE2 / Tyrosine-protein kinase receptor TEK / Tunica ...Tyrosine-protein kinase receptor TIE-2 / hTIE2 / Tyrosine-protein kinase receptor TEK / Tunica interna endothelial cell kinase / p140 TEK


分子量: 36253.328 Da / 分子数: 1 / 断片: Tie2 fragment 808-1124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEK, TIE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02763, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0CE / 2-methyl-11-(1-methylethyl)-8-[(2S)-tetrahydro-2H-pyran-2-yl]-2,11,12,13-tetrahydro-4H-indazolo[5,4-a]pyrrolo[3,4-c]carbazol-4-one


分子量: 452.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% PEG 3350, 0.2M Tri-Ammonium Citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 16055 / Num. obs: 16055 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVR

1fvr


解像度: 2.4→24.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 4165530.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 827 5.2 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.239 16055 --
obs0.238 16055 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.6277 Å2 / ksol: 0.334281 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.39 Å20 Å20 Å2
2---6.39 Å20 Å2
3---12.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2348 0 34 39 2421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.932.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 72 4.6 %
Rwork0.291 1508 -
obs-1508 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4INH_par.txt&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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