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- PDB-3l8j: Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8j
タイトルCrystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity
要素Programmed cell death protein 10
キーワードPROTEIN BINDING / cerebral cavernous malformation / FAT domain / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of intracellular protein transport / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of intracellular protein transport / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells / positive regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of angiogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / angiogenesis / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Li, X. / Zhang, R. / Zhang, H. / He, Y. / Ji, W. / Min, W. / Boggon, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity.
著者: Li, X. / Zhang, R. / Zhang, H. / He, Y. / Ji, W. / Min, W. / Boggon, T.J.
履歴
登録2009年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3771
ポリマ－23,3771
非ポリマー00
水00
1
A: Programmed cell death protein 10

A: Programmed cell death protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7542
ポリマ－46,7542
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
Buried area3700 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.445, 77.445, 108.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 10 / TF-1 cell apoptosis-related protein 15 / Cerebral cavernous malformations 3 protein


分子量: 23376.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10, CCM3, TFAR15 / プラスミド: modified pET-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
配列の詳細RESIDUES -3, -2 AND -1 ARE BUILT INTO POOR DENSITY, RESIDUE ASSIGNMENT IS UNCLEAR. THE COMPLETE ...RESIDUES -3, -2 AND -1 ARE BUILT INTO POOR DENSITY, RESIDUE ASSIGNMENT IS UNCLEAR. THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS: GHMRMTMEEMKNEAETTSMVSMPLYAVMYPVFNELERVNLSAAQTLRAAFIKAEKENPGLTQDIIMKILEKKSVEVNFTESL LRMAADDVEEYMIERPEPEFQDLNEKARALKQILSKIPDEINDRVRFLQTIKDIASAIKELLDTVNNVFKKYQYQNRRALEH QKKEFVKYSKSFSDTLKTYFKDGKAINVFVSANRLIHQTNLILQTFKTVA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 20% glycerol, 13.5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9551 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9551 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→25 Å / Num. all: 6769 / Num. obs: 6699 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 109 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 634 / Rsym value: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE P212121 MODEL, PDB entry 3L8I

3l8i


解像度: 3.05→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 70.715 / SU ML: 0.532 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.472 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residues -3, -2 and -1 are built into poor density, residue assignment is unclear.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2926 316 4.9 %RANDOM
Rwork0.27827 ---
obs0.27895 6170 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 146.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.61 Å20 Å20 Å2
2--5.61 Å20 Å2
3----11.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 0 0 1630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8811.9722224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8995198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88324.93779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17815329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0581510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1061.51002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.19921630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2283652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.44.5594
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 30 -
Rwork0.349 420 -
obs--95.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.22473.13136.26611.07030.674614.91141.13380.2457-0.29710.20810.0414-0.34272.23971.8038-1.17530.38990.3363-0.20130.4479-0.27850.203554.264527.38419.2442
212.87974.8837-2.86618.3192-4.90427.0042-0.2006-0.3794-0.6435-0.41621.06931.22070.128-0.8815-0.86870.34780.1576-0.10180.55350.46630.589220.858719.968614.6578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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