PDB-3l7w: The Crystal Structure of smu.1704 from Streptococcus mutans UA159

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l7w

タイトル

The Crystal Structure of smu.1704 from Streptococcus mutans UA159

要素

Putative uncharacterized protein SMU.1704

キーワード

TRANSCRIPTION / PadR / transcriptional factor

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PadR domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Su, X.-D. / Liu, X. / Fu, T.M.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of smu.1704 from Streptococcus mutans UA159
著者: Su, X.-D. / Liu, X. / Fu, T.M.

履歴

登録	2009年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l7w.cif.gz	56.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l7w.ent.gz	45.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l7w_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l7w_full_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示
XML形式データ	3l7w_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	3l7w_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lwj-d 4m5t-2 3kwg-3 6ioq-d 1nwp-d 5e5m-1 3ay2-d 5e5m-2 5lto-1 3lib-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein SMU.1704

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein SMU.1704

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.070, 57.070, 174.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-116- HOH

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein SMU.1704 分子量: 12804.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: SMU.1704 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DSR7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 3.0M Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 9236 / Num. obs: 9136 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / B_iso Wilson estimate: 37.87 Å²
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→18.851 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.789 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2694	914	10 %
R_work	0.2041	8222	-
obs	0.2106	9136	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.718 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.06 Å² / B_iso mean: 41.869 Å² / B_iso min: 19.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.143 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.143 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.851 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	870	0	0	105	975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.206	1211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.847	323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	136
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.3158	0.3912	118	0.2966	1066	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3158-2.4606	0.2689	129	0.2347	1155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4606-2.6501	0.2633	127	0.1952	1149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6501-2.916	0.2662	130	0.2082	1168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.916-3.3359	0.2824	130	0.2033	1177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3359-4.1952	0.2259	135	0.1656	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1952-18.8515	0.234	145	0.1708	1306	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.2004 Å / Origin y: -23.8046 Å / Origin z: -3.3915 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1036 Å²	-0.0589 Å²	0.0196 Å²	-	0.2866 Å²	-0.026 Å²	-	-	0.1907 Å²
L	0.1964 °²	-0.2776 °²	-0.6795 °²	-	0.8546 °²	1.2015 °²	-	-	2.2058 °²
S	0.0421 Å °	-0.0737 Å °	-0.0645 Å °	-0.0473 Å °	-0.0502 Å °	0.0555 Å °	-0.1568 Å °	0.0695 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 113

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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