PDB-3l7q: Crystal structure of AldR from streptococcus mutans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l7q

タイトル

Crystal structure of AldR from streptococcus mutans

要素

Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

キーワード

TRANSLATION / aldR / streptococcus mutans / translation initiation inhibitor / regulator-like

機能・相同性

機能・相同性情報

RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Fan, X.X. / Wang, K.T. / Su, X.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of AldR from streptococcus mutans
著者: Fan, X.X. / Wang, K.T. / Su, X.D.

履歴

登録	2009年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年7月25日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l7q.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l7q.ent.gz	177.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l7q_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l7q_full_validation.pdf.gz	509.7 KB	表示
XML形式データ	3l7q_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	3l7q_validation.cif.gz	59.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qd9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5v4d-2 5yu2-2 5yu2-1 2uyj-d 6igb-1 3r0p-2 5v32-d 6shy-2 3m4s-1 4v1s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

B: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

C: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

D: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

E: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

F: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

G: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

H: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

I: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

122 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

B: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

C: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

E: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

F: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

H: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

I: Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.124, 78.182, 102.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative translation initiation inhibitor, aldR regulator-like protein 分子量: 13573.486 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: aldR, SMU_1308 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DTM5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 25.0% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 40206 / Num. obs: 40167 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QD9

1qd9

解像度: 2.5→41.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 9.549 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.925 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24974	2008	5 %	RANDOM
R_work	0.21477	-	-	-
obs	0.21651	38109	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.87 Å²	0 Å²	-1.7 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8532	0	0	230	8762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.972	11826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.448	5	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.547	26.154	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.501	15	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.668	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	6435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.07	1.5	5580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.987	2	9126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.862	3	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.765	4.5	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	156	-
R_work	0.29	2771	-
obs	-	-	99.73 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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