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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l7n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SMU.1228c | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / glutamine amidotransferase / Streptococcus mutans | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, X.-X. / Wang, K.-T. / Su, X.-D. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of SMU.1228c 著者: Fan, X.-X. / Wang, K.-T. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l7n.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l7n.ent.gz | 44.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3l7n_validation.pdf.gz | 418.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3l7n_full_validation.pdf.gz | 425.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3l7n_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3l7n_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1o1yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26622.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: SMU_1228c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DTU5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20-22% PEG 1000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Na/K phosphate pH6.5, 0.1M Guanidine hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→66.29 Å / Num. all: 11498 / Num. obs: 11483 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1O1Y 解像度: 2.7→66.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.859 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.876 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→66.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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