PDB-1o1y: Crystal structure of a glutamine amidotransferase (tm1158) from t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o1y

タイトル

Crystal structure of a glutamine amidotransferase (tm1158) from thermotoga maritima at 1.70 A resolution

要素

conserved hypothetical protein TM1158

キーワード

TRANSFERASE / Flavodoxin-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: PROTEINS / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a putative glutamine amido transferase (TM1158) from Thermotoga maritima at 1.7 A resolution.
著者: Schwarzenbacher, R. / Deacon, A.M. / Jaroszewski, L. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Klock, H.E. / ...

履歴

登録	2003年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o1y.cif.gz	70.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o1y.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o1y_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o1y_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	1o1y_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	1o1y_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/1o1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/1o1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7bi7-2 5ogn-2 5fl4-3 4pyx-d 5gms-2 4q81-d 6t4n-d 7jo1-d 2v0r-1 6ufb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283024

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein TM1158

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: conserved hypothetical protein TM1158

ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein TM1158

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: conserved hypothetical protein TM1158

ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein TM1158

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.362, 92.362, 135.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-572- HOH

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein TM1158 分子量: 28745.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0P2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.54	51.21
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	9	2.4 M Ammonium Sulfate; 0.1 M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	5	2.4 M Ammonium Sulfate; 0.1 M Citric Acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	2.4 M	ammonium sulfate	1	reservoir
2	0.1 M	Bicine	1	reservoir	pH9.0
3	20 mM	Tris	1	drop	pH7.9
4	150 mM		1	drop		NaCl
5	0.25 mM	TCEP	1	drop

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.97931
シンクロトロン	APS	19-BM	2		0.979, 0.991

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
APS-1	1	CCD	2002年10月26日	Flat mirror,single crystal Si(311) bent monochromator
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2002年11月24日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97931	1
2	0.979	1
3	0.991	1

反射

解像度: 1.7→39.403 Å / Num. all: 36314 / Num. obs: 36314 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 8.2 % / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3969 / R_sym value: 0.643 / % possible all: 72.8

反射

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 79.1 Å / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 314408 / R_merge(I) obs: 0.087

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 72.8 % / R_merge(I) obs: 0.643

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
RESOLVE		モデル構築
SOLVE		位相決定
XFIT		データ削減
REFMAC		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→39.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.878 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The occupancies assigned here to the modelled sulfate groups are inaccurate, as indicated by persistent negative or positive difference density. Hydrogens have been added in the riding ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17242	1800	5 %	RANDOM
R_work	0.14516	-	-	-
obs	0.14651	34513	94.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK / B_sol: 370.325 Å² / k_sol: 0.9 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0.62 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1922	0	45	358	2325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.988	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.802	5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.149	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.325	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.295	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.187	2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.176	3	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.087	8	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.91	11	888
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	86	4.67 %
R_work	0.285	1755	-

精密化 TLS

Origin x: 15.5977 Å / Origin y: 29.0841 Å / Origin z: -2.2404 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0373 Å²	-0.0228 Å²	-0.028 Å²	-	0.0229 Å²	-0.004 Å²	-	-	0.0704 Å²
L	1.0409 °²	-0.3576 °²	0.1355 °²	-	1.0499 °²	-0.0884 °²	-	-	1.8487 °²
S	-0.0101 Å °	-0.0568 Å °	0.0549 Å °	0.0217 Å °	-0.048 Å °	0.0032 Å °	-0.1446 Å °	-0.0302 Å °	0.0581 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 227	10 - 239
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B - J	401 - 409	1

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 79.1 Å / σ(F): 0 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.172 / R_factor R_work: 0.145

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.52
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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