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- PDB-3l7d: Crystal Structure of Glycogen Phosphorylase DK5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l7d
タイトルCrystal Structure of Glycogen Phosphorylase DK5 complex
要素Glycogen phosphorylase, muscle form
キーワードTRANSFERASE / GLYCOGENOLYSIS / TYPE 2 DIABETES / allosteric enzyme / CARBOHYDRATE METABOLISM / GLYCOGEN METABOLISM / GLYCOSYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / PYRIDOXAL PHOSPHATE / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DK5 / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tsirkone, V.G. / Lamprakis, C. / Hayes, J.M. / Skamnaki, V. / Drakou, C. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: 1-(3-Deoxy-3-fluoro-beta-d-glucopyranosyl) pyrimidine derivatives as inhibitors of glycogen phosphorylase b: Kinetic, crystallographic and modelling studies.
著者: Tsirkone, V.G. / Tsoukala, E. / Lamprakis, C. / Manta, S. / Hayes, J.M. / Skamnaki, V.T. / Drakou, C. / Zographos, S.E. / Komiotis, D. / Leonidas, D.D.
履歴
登録2009年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0142
ポリマ－97,6511
非ポリマー3631
水5,278293
1
A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子

A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,0284
ポリマ－195,3012
非ポリマー7272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area4470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area57080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.132, 129.132, 117.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-936-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase


分子量: 97650.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-DK5 / 1-(2,3-dideoxy-3-fluoro-beta-D-arabino-hexopyranosyl)-4-[(phenylcarbonyl)amino]pyrimidin-2(1H)-one


分子量: 363.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18FN3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7
詳細: 10MM BES BUFFER, 3MM DDT, pH 6.7, small tubes, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99 Å / Num. obs: 65604 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.433 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3272 / Χ2: 0.609 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2PRJ

2prj


解像度: 2→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3319 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 65585 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.42 Å2 / Biso mean: 31.109 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6597 0 26 293 6916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.9599199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4375812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24423.582349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.193151180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7971559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.22672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24608
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.54038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22226522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76832753
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8894.52674
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 254 -
Rwork0.243 4573 -
all-4827 -
obs--97.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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