PDB-3l78: The crystal structure of SMU.1142C from Streptococcus mutans UA159

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l78

タイトル

The crystal structure of SMU.1142C from Streptococcus mutans UA159

要素

Regulatory protein spx

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional factor / STREPTOCOCCUS MUTANS / Disulfide bond / Redox-active center / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Liu, X. / Fu, T.M. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of SMU.1142c from Streptococcus mutans UA159
著者: Liu, X. / Fu, T.M. / Su, X.-D.

履歴

登録	2009年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l78.cif.gz	62 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l78.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z3eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rw1-d 3rcw-6 5vbr-1 3mzt-2 2a8v-3 4nfc-2 2nvn-d 5f25-2 3iwd-3 4nqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein spx

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.565, 47.473, 56.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Regulatory protein spx / putative transcriptional factor SpxA 分子量: 14047.194 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-120 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: SMU.1142c (AMINO ACIDS 1-120) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DU17
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.85 NaNO3, 0.1M NaCAD pH 6.5, 15% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 10132 / Num. obs: 9865 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 1.064 / Net I/av σ(I): 51.994 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 134385

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	8.8	0.319	487	0.502	98.8
1.93-1.97	9.7	0.305	477	0.65	99.8
1.97-2.01	11	0.287	494	0.532	100
2.01-2.05	11.8	0.237	506	0.578	100
2.05-2.09	12.6	0.194	494	0.646	99.8
2.09-2.14	13.2	0.19	498	0.67	100
2.14-2.19	13.6	0.172	500	0.698	100
2.19-2.25	14.2	0.159	498	0.727	100
2.25-2.32	14.3	0.141	484	0.746	100
2.32-2.39	14.4	0.128	521	0.798	100
2.39-2.48	14.6	0.119	492	0.804	100
2.48-2.58	14.4	0.105	498	0.846	100
2.58-2.7	14.4	0.099	511	0.936	100
2.7-2.84	14.4	0.086	506	1.052	100
2.84-3.02	14.5	0.076	506	1.164	100
3.02-3.25	14.4	0.064	512	1.4	100
3.25-3.58	14.2	0.058	510	1.644	100
3.58-4.09	14.1	0.052	531	1.906	100
4.09-5.16	13.8	0.05	528	2.165	100
5.16-50	12.3	0.049	579	2.034	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z3E

1z3e

解像度: 1.9→36.318 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.863 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 19.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2317	1000	10.18 %
R_work	0.1864	8828	-
obs	0.1909	9828	97.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.454 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.04 Å² / B_iso mean: 33.022 Å² / B_iso min: 13.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.068 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.912 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.844 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	934	0	0	46	980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	1317
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.555	375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	171

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-2.0002	0.2877	139	0.1923	1158	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0002-2.1255	0.2404	133	0.1643	1217	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1255-2.2896	0.2018	142	0.1603	1235	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2896-2.5199	0.2366	140	0.1719	1255	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5199-2.8844	0.2461	140	0.2062	1283	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8844-3.6335	0.2634	151	0.1883	1300	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6335-36.3251	0.202	155	0.1858	1380	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.834 Å / Origin y: -5.784 Å / Origin z: 3.793 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1273 Å²	-0.0021 Å²	-0.0081 Å²	-	0.1431 Å²	0.0053 Å²	-	-	0.1188 Å²
L	0.6367 °²	-0.301 °²	0.198 °²	-	0.6599 °²	0.0859 °²	-	-	-0.0203 °²
S	-0.0925 Å °	-0.0775 Å °	-0.0351 Å °	0.059 Å °	0.0459 Å °	0.0214 Å °	-0.0929 Å °	0.0332 Å °	0.0306 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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