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万見
- PDB-3l6q: Crystal structure of the N-terminal domain of HSP70 from Cryptosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6q
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of HSP70 from Cryptosporidium parvum (CGD2_20)
要素Heat shock 70 (HSP70) protein
キーワードCHAPERONE / atp binding domain / heat shock protein / structural genomics / atp-binding / nucleotide binding / stress response / Structural Genomics Consortium / SGC / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock 70 (HSP70) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of HSP70 from Cryptosporidium parvum (CGD2_20)
著者: Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T. / Structural ...著者: Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock 70 (HSP70) protein
B: Heat shock 70 (HSP70) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,18111
ポリマ－88,4602
非ポリマー7219
水7,080393
1
A: Heat shock 70 (HSP70) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6386
ポリマ－44,2301
非ポリマー4095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heat shock 70 (HSP70) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5425
ポリマ－44,2301
非ポリマー3124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.089, 83.078, 131.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heat shock 70 (HSP70) protein


分子量: 44229.855 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP RESIDUES 15-396) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd2_20 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q5CPP8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 400 0.2M NH4SO4 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 83112 / Num. obs: 41916 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.249 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.8370.74441030.74100
1.83-1.867.40.62641080.785100
1.86-1.97.40.53241160.82100
1.9-1.947.40.44441510.896100
1.94-1.987.40.37640770.948100
1.98-2.037.50.31141100.986100
2.03-2.087.50.27341291.125100
2.08-2.137.50.23641411.263100
2.13-2.27.50.21841151.389100
2.2-2.277.50.20341461.517100
2.27-2.357.50.18241361.602100
2.35-2.447.50.17241411.654100
2.44-2.557.50.15741551.725100
2.55-2.697.50.14241381.697100
2.69-2.867.50.1341871.631100
2.86-3.087.40.11941611.339100
3.08-3.397.40.1141931.4100
3.39-3.887.40.10141871.411100
3.88-4.887.20.07842520.954100
4.88-507.10.05243661.01299

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 37.05 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.62 Å
Translation2.5 Å41.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.8.0精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KVG

3kvg


解像度: 2.29→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1771 5.01 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.193 37151 --
obs0.193 37151 --
原子変位パラメータBiso max: 126.35 Å2 / Biso mean: 42.475 Å2 / Biso min: 19.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.217 Å20 Å20 Å2
2---1.164 Å20 Å2
3----4.053 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.297 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5802 0 37 393 6232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d2.86
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d18.16
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.36 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 123 4.78 %
Rwork0.221 2448 -
all0.222 2571 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2985-0.29340.4030.9102-0.61852.11790.1133-0.00230.1454-0.0281-0.00930.040.07270.0566-0.104-0.0842-0.01030.0247-0.1043-0.0076-0.051522.9651-30.917131.0633
20.4676-0.2695-0.29831.4869-1.10293.3453-0.04740.0492-0.0736-0.05790.0052-0.08060.0021-0.13140.04220.0284-0.04830.0293-0.0883-0.02640.0364-0.7778-43.581936.3902
30.5309-0.2968-0.35640.40040.25621.4237-0.12510.1516-0.044-0.1697-0.02750.07530.3888-0.19770.15260.0144-0.039-0.0058-0.0621-0.0027-0.07769.1437-39.355218.6755
40.84360.13120.20360.6420.07830.9960.03660.10390.0936-0.0062-0.1034-0.02-0.00840.01990.0668-0.06720.0057-0.005-0.01810.018-0.044629.73964.17739.0601
51.8785-0.5791-0.52892.56751.60173.4022-0.01470.080.18420.24040.01960.05320.13050.0081-0.0049-0.07180.00550.0162-0.06520.0454-0.01553.111511.968612.7211
63.06960.02810.33231.9397-0.26281.0160.00720.18980.0709-0.1130.03420.08710.12130.0046-0.0413-0.06260.0137-0.01590.0729-0.0221-0.088413.6211-4.8398-7.6505
71.0350.23151.17840.24760.12291.8378-0.0229-0.0022-0.0581-0.0728-0.0538-0.05140.13710.00870.07670.0125-0.0103-0.0182-0.0138-0.0034-0.014824.8171-10.95696.6752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B19
2X-RAY DIFFRACTION2B247
3X-RAY DIFFRACTION3B290
4X-RAY DIFFRACTION4A18
5X-RAY DIFFRACTION5A247
6X-RAY DIFFRACTION6A327
7X-RAY DIFFRACTION7A374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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