PDB-3l6o: Crystal Structure of Phosphate bound apo Glyceraldehyde-3-phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l6o

タイトル

Crystal Structure of Phosphate bound apo Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 from MRSA252 at 2.2 Angstrom resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glycolysis / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 from methicillin-resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provides novel insights into substrate binding and catalytic mechanism.
著者: Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.

履歴

登録	2009年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l6o.cif.gz	259 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l6o.ent.gz	210.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/3l6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/3l6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hq4C 3k73C 3k9qC 3ksdC 3kszC 3kv3C 3l4sC 3lc1C 3lc2C 3lc7C 3lvfC 3h48 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ksd-d 3lc7-d 3lc1-d 3lvf-d 3k9q-d 3l4s-d 3k73-d 5y37-d 3kv3-d 1dc5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.955, 93.683, 89.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Q
2	1	P
3	1	R
4	1	O

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	Q	A	2 - 18	2 - 18
2	1	ALA	ALA	PHE	PHE	P	B	2 - 18	2 - 18
3	1	ALA	ALA	PHE	PHE	R	C	2 - 18	2 - 18
4	1	ALA	ALA	PHE	PHE	O	D	2 - 18	2 - 18
1	2	VAL	VAL	MET	MET	Q	A	30 - 50	30 - 50
2	2	VAL	VAL	MET	MET	P	B	30 - 50	30 - 50
3	2	VAL	VAL	MET	MET	R	C	30 - 50	30 - 50
4	2	VAL	VAL	MET	MET	O	D	30 - 50	30 - 50
1	3	GLY	GLY	VAL	VAL	Q	A	56 - 60	56 - 60
2	3	GLY	GLY	VAL	VAL	P	B	56 - 60	56 - 60
3	3	GLY	GLY	VAL	VAL	R	C	56 - 60	56 - 60
4	3	GLY	GLY	VAL	VAL	O	D	56 - 60	56 - 60
1	4	LYS	LYS	SER	SER	Q	A	70 - 74	70 - 74
2	4	LYS	LYS	SER	SER	P	B	70 - 74	70 - 74
3	4	LYS	LYS	SER	SER	R	C	70 - 74	70 - 74
4	4	LYS	LYS	SER	SER	O	D	70 - 74	70 - 74
1	5	SER	SER	SER	SER	Q	A	81 - 210	81 - 210
2	5	SER	SER	SER	SER	P	B	81 - 210	81 - 210
3	5	SER	SER	SER	SER	R	C	81 - 210	81 - 210
4	5	SER	SER	SER	SER	O	D	81 - 210	81 - 210
1	6	GLY	GLY	GLU	GLU	Q	A	218 - 333	218 - 333
2	6	GLY	GLY	GLU	GLU	P	B	218 - 333	218 - 333
3	6	GLY	GLY	GLU	GLU	R	C	218 - 333	218 - 333
4	6	GLY	GLY	GLU	GLU	O	D	218 - 333	218 - 333

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 / GAPDH 1 分子量: 36320.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: gap, gap1, gapA, gapA1, SAR0828 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: Q6GIL8, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.15 % / Mosaicity: 1.708 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.7, 32% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月9日 / 詳細: Varimax mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→33.34 Å / Num. obs: 53348 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.61 % / B_iso Wilson estimate: 36.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 6.8 / Scaling rejects: 1454
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.33 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured all: 17409 / Num. unique all: 5203 / Χ²: 1.15 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.8L	データスケーリング
REFMAC	5.5.0095	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
StructureStudio		データ収集
d*TREK		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H48

3h48
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 22.775 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.504 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	2706	5.1 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.218	53279	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.77 Å² / B_iso mean: 63.605 Å² / B_iso min: 27.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10116	0	20	136	10272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	10268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.959	13913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.688	5	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.555	25.391	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.015	15	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.672	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.774	1.5	6591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.507	2.5	10596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.929	5	3677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.588	10	3317

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	Q	1176	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	P	1176	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	R	1176	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
4	O	1176	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	Q	1052	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
2	P	1052	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
3	R	1052	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
4	O	1052	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1	Q	1176	TIGHT THERMAL	0.65	1.5
2	P	1176	TIGHT THERMAL	0.59	1.5
3	R	1176	TIGHT THERMAL	0.69	1.5
4	O	1176	TIGHT THERMAL	0.61	1.5
1	Q	1052	MEDIUM THERMAL	0.93	2.5
2	P	1052	MEDIUM THERMAL	0.97	2.5
3	R	1052	MEDIUM THERMAL	0.96	2.5
4	O	1052	MEDIUM THERMAL	0.99	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	194	-
R_work	0.323	3602	-
all	-	3796	-
obs	-	-	96.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0295	0.2493	0.0809	1.059	0.3031	0.2027	-0.014	0.1627	0.2128	-0.0479	0.0125	-0.0466	-0.0224	-0.001	0.0015	0.0163	-0.0007	0.027	0.0267	0.0351	0.1067	22.368	-0.7811	7.3002
2	1.5645	-0.4503	-0.4039	0.6238	-0.3147	0.6144	0.0069	-0.0751	0.1094	0.0254	0.0511	0.0209	0.0369	-0.0564	-0.058	0.0502	-0.0134	0.0203	0.035	-0.0152	0.0323	-7.9275	-7.4315	33.9379
3	0.3606	0.3208	0.2651	1.0005	-0.1644	1.5788	0.0686	0.0446	-0.0947	-0.0168	0.0081	-0.031	0.2409	-0.0785	-0.0767	0.0448	-0.007	-0.0102	0.0228	-0.0231	0.0553	4.0469	-34.5497	9.3366
4	1.3843	0.2948	0.197	0.3461	0.0941	1.8377	0.0133	-0.2181	-0.2886	0.0917	-0.0743	-0.1155	-0.0136	0.2325	0.061	0.0338	-0.015	-0.0108	0.0772	0.0687	0.1001	27.7969	-20.6294	39.5489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Q	1 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	2	P	1 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	3	R	1 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	O	1 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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