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- PDB-3l6i: Crystal structure of the uncharacterized lipoprotein yceb from e.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6i
タイトルCrystal structure of the uncharacterized lipoprotein yceb from e. coli at the resolution 2.0a. northeast structural genomics consortium target er542
要素Uncharacterized lipoprotein yceB
キーワードstructure genomics / unknown function / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Cell membrane / Lipoprotein / Membrane / Palmitate
機能・相同性Uncharacterised protein PF07273 family, DUF1439 / Protein of unknown function DUF1439 / Protein of unknown function (DUF1439) / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / Alpha Beta / Uncharacterized lipoprotein YceB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.011 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, C.X. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, C.X. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the uncharacterized lipoprotein yceb from e. coli at the resolution 2.0a. northeast structural genomics consortium target er542
著者: Kuzin, A.P. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, C.X. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年1月26日ID: 3EYR
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized lipoprotein yceB
B: Uncharacterized lipoprotein yceB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5274
ポリマ－41,4812
非ポリマー462
水2,522140
1
A: Uncharacterized lipoprotein yceB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7642
ポリマ－20,7411
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized lipoprotein yceB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7642
ポリマ－20,7411
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Uncharacterized lipoprotein yceB
ヘテロ分子

B: Uncharacterized lipoprotein yceB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5274
ポリマ－41,4812
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.050, 174.550, 43.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

NA

21B-2-

NA

31A-253-

HOH

41B-232-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein yceB


分子量: 20740.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yceB, b1063, JW1050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: P0AB26
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.3M NA MALONATE, 0.05M BIS TRIS, PROPANE PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月14日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: MONOCHROMATIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→19.89 Å / Num. obs: 50815 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.011→19.793 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1381 5.1 %
Rwork0.2051 --
obs0.2072 27060 95.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.168 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.011→19.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 2 140 2826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2513706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6681042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0113-2.08310.24291240.21632297X-RAY DIFFRACTION87
2.0831-2.16640.29191240.21152371X-RAY DIFFRACTION90
2.1664-2.26490.29121290.20962476X-RAY DIFFRACTION93
2.2649-2.38410.26851330.21312514X-RAY DIFFRACTION94
2.3841-2.53320.25391370.21652569X-RAY DIFFRACTION97
2.5332-2.72830.27481440.23812635X-RAY DIFFRACTION98
2.7283-3.00210.29661500.2232625X-RAY DIFFRACTION99
3.0021-3.43450.27421450.20442689X-RAY DIFFRACTION100
3.4345-4.31970.20731480.17072730X-RAY DIFFRACTION100
4.3197-19.79350.20991470.19782773X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.7927 Å / Origin y: 85.8457 Å / Origin z: 23.7622 Å
111213212223313233
T0.1417 Å2-0.0123 Å2-0.0011 Å2-0.1537 Å20.04 Å2--0.2406 Å2
L0.761 °2-1.4802 °2-0.0613 °2-1.7174 °20.226 °2---0.0177 °2
S0.067 Å °0.0497 Å °-0.0341 Å °-0.2115 Å °-0.029 Å °0.0414 Å °-0.0052 Å °0.0002 Å °-0.0026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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