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- PDB-3l6h: Crystal structure of lactococcal OpuAC in its closed-liganded con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6h
タイトルCrystal structure of lactococcal OpuAC in its closed-liganded conformation complexed with glycine betaine
要素Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein
キーワードGLYCINE BETAINE-BINDING PROTEIN / glycine betaine binding / substrate binding domain / venus fly-trap / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / response to stimulus / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL GLYCINE / Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Berntsson, R.P.A. / Wolters, J.C. / Gul, N. / Karasawa, A. / Thunnissen, A.M.W.H. / Slotboom, D.J. / Poolman, B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
著者: Wolters, J.C. / Berntsson, R.P. / Gul, N. / Karasawa, A. / Thunnissen, A.M. / Slotboom, D.J. / Poolman, B.
履歴
登録2009年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7364
ポリマ－28,5471
非ポリマー1893
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.706, 111.706, 151.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-58-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein


分子量: 28547.410 Da / 分子数: 1 / 断片: substrate binding domain (UNP residues 320-573) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The substrate binding domain at the C-terminal of the ABC-transporter OpuA
由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: NZ9000 / 遺伝子: busAB, LL1451, L724, L72477 / プラスミド: pNZ9000 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: Q7DAU8
#2: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイニウム


分子量: 118.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-Hepes, pH 7.0, 20% PEG 6000, 1 mM glycine betaine, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46 Å / Num. obs: 16390 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.330.6662.596.1
2.33-2.490.4733.699
2.49-2.690.3225.398.4
2.69-2.950.2047.997.8
2.95-3.290.12811.597.5
3.29-3.80.07817.696.9
3.8-4.650.05523.596.6
4.65-6.540.04924.896.6
6.540.04128.795.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.35 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.78 Å
Translation2.5 Å40.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 3L6G

3l6g


解像度: 2.3→40.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.237 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22137 819 5 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.19843 15560 100 %-
all-16379 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å2-0.53 Å2-0 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 10 140 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0222056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8981.9382788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77833355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9075255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81926.66787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85815372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.882151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.221.51274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0321.5519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.43822051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.73782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1654.5737
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 59 -
Rwork0.217 1137 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9555 Å / Origin y: -6.4325 Å / Origin z: 47.3776 Å
111213212223313233
T0.0136 Å20.0198 Å20.0065 Å2-0.0503 Å20.0015 Å2--0.0822 Å2
L1.1253 °20.1362 °20.0608 °2-1.1435 °20.4615 °2--1.8801 °2
S0.0052 Å °0.1523 Å °0.0042 Å °0.0061 Å °0.0201 Å °-0.0325 Å °0.0448 Å °0.0148 Å °-0.0252 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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