PDB-3l5z: Crystal structure of transcriptional regulator, GntR family from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l5z

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator, GntR family from Bacillus cereus

要素

Transcriptional regulator, GntR family

キーワード

transcription regulator / transcriptional regulator / GntR family / Structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Hatzos, C. / Feldmann, B. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of transcriptional regulator, GntR family from Bacillus cereus
著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Feldmann, B. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l5z.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l5z.ent.gz	55.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l5z_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l5z_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	3l5z_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	3l5z_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/3l5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/3l5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ffv-d 1vjc-d 7jm4-1 3c7x-3 3okp-d 5m1r-d 6qk4-d 2p59-d 6os4-2 2fm2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC37964.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, GntR family

B: Transcriptional regulator, GntR family

ヘテロ分子

36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.191, 121.191, 114.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, GntR family 分子量: 17891.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_3424 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q734I1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.1 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-Cl pH 8.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 19581 / Num. obs: 19580 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 29.67
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.771 / Mean I/σ(I) obs: 4.17 / Num. unique all: 968 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 21.077 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.257
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24324	994	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20355	-	-	-
all	0.20554	19505	-	-
obs	0.20554	19505	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2298	0	16	49	2363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	1.968	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.476	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.139	24.423	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.144	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.138	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.496	1.5	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.98	2	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.548	3	934
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.751	4.5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.899→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	59	-
R_work	0.291	1344	-
obs	-	1403	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0145	1.6178	-0.5393	9.0892	-0.3984	4.5624	0.2746	-0.5115	1.0303	0.0121	-0.5126	0.616	-0.654	-0.0724	0.238	0.1105	0.0595	0.0123	0.2192	-0.0333	0.1825	34.9115	89.6464	42.6946
2	14.2974	4.9374	3.7465	15.6025	1.6383	9.1115	0.17	0.7438	-1.0357	-0.9738	0.2755	-0.1907	0.2108	0.6379	-0.4455	0.0972	0.031	0.0024	0.0644	-0.0369	0.1435	40.9257	70.1955	34.7758
3	3.7714	7.1532	-0.852	22.1658	1.2583	4.1283	0.1682	-0.555	0.1738	0.0215	-0.4266	0.0888	-0.3376	0.1293	0.2584	0.0349	-0.0069	-0.0448	0.1545	-0.0831	0.1484	39.9501	88.1289	41.4402
4	3.6721	-1.4263	0.9062	12.2612	0.0075	0.2108	-0.2654	-0.7813	-0.0887	0.7831	0.2278	-0.4311	0.0129	-0.1546	0.0376	0.1223	0.0455	0.0431	0.2467	0.0687	0.0985	34.3605	77.2323	51.9516
5	1.9423	-0.6102	0.2733	4.8814	-2.92	1.5325	-0.079	-0.3132	-0.0348	-0.2249	-0.2471	-0.6926	0.1472	0.2138	0.3261	0.1357	-0.0201	-0.0663	0.3741	-0.0249	0.2639	50.9987	79.2811	42.9265
6	14.9078	-5.9055	0.1265	10.0349	-1.5094	10.1856	0.2367	0.2916	0.0037	-0.1675	-0.0399	0.503	-0.246	-0.8838	-0.1968	0.0639	-0.0101	-0.0219	0.1034	0.0211	0.1312	44.8848	94.353	29.4204
7	2.152	0.4145	0.7349	8.4828	0.4516	0.1207	-0.2098	-0.1795	-0.3082	0.2876	0.2911	-0.4709	-0.0154	0.062	-0.0813	0.071	0.0763	-0.036	0.2245	0.0601	0.2052	47.114	78.7045	43.2231
8	16.3575	-9.1987	20.9383	10.0671	-12.741	27.4935	-0.3759	0.1668	0.1312	0.6118	-0.3943	-0.0913	-0.7438	0.4767	0.7701	0.0833	-0.1711	-0.0541	0.4087	0.0093	0.431	58.8068	90.6681	46.3636
9	10.7914	6.2152	7.2011	11.6858	7.0397	11.9247	-0.0923	1.2915	-0.5979	-0.8093	-0.0732	0.167	0.5394	0.9832	0.1655	0.1773	0.1142	0.0234	0.3882	-0.0833	0.2621	80.0961	87.0247	30.9268
10	20.5784	5.0502	-0.2979	16.7906	0.1412	5.5657	0.4361	-0.5165	1.691	-0.0453	-0.2172	0.5904	-0.5912	-0.1336	-0.2189	0.1026	0.0556	0.0227	0.0884	-0.0736	0.1569	77.5254	102.3373	46.0194
11	6.5432	1.3236	5.5519	1.6841	1.1556	4.5237	0.2552	0.4629	-0.4718	-0.0301	0.0767	-0.202	0.219	0.357	-0.3319	0.0292	-0.0283	0.0376	0.2223	-0.1042	0.2296	75.3163	88.1708	33.4827
12	5.4256	0.608	2.8024	5.7582	-3.2907	12.2331	-0.1014	0.4402	-0.2215	-0.2571	0.0145	-0.312	1.0694	-0.0775	0.0869	0.1113	-0.0361	0.0193	0.1283	-0.0361	0.1063	85.6545	84.2987	45.0978
13	0.2941	0.9229	2.6006	0.0359	2.4419	7.8617	-0.4616	-0.4093	0.1483	-0.0592	-0.1517	0.1498	-0.9174	-0.914	0.6133	0.3999	0.0516	-0.0023	0.3904	0.0618	0.3817	67.5872	89.838	45.6955
14	26.4092	-1.2632	-7.2228	19.5046	0.6438	16.0467	0.2131	1.3479	0.8504	-0.5579	0.0422	-0.5243	-1.3009	0.8185	-0.2553	0.1182	-0.0928	0.0166	0.2045	0.0274	0.0525	66.1025	95.0243	24.8459
15	0.2715	-0.532	0.5154	1.0116	-1.0031	0.7319	-0.1422	-0.073	0.0041	0.2458	0.1588	0.1386	-0.2414	-0.0885	-0.0166	0.0707	0.004	-0.017	0.2706	-0.0224	0.2132	71.3526	90.3884	44.6541
16	8.168	2.5721	-1.0759	10.1585	-13.3994	15.7932	0.5996	-0.1224	-0.1754	-0.1056	-0.0419	0.4678	0.3025	0.1488	-0.5577	0.111	0.0491	-0.0969	0.1548	-0.0474	0.3413	58.9738	80.1712	39.8696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	126 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	149 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	174 - 187
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	188 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	204 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	228 - 238
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	96 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	109 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	126 - 148
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	149 - 173
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	174 - 187
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	188 - 203
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	204 - 227
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	228 - 238

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)