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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l4o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the MauG/pre-Methylamine Dehydrogenase Complex After Treatment with Hydrogen Peroxide | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / MauG / methylamine dehydrogenase / quinone cofactor / TTQ / His-Tyr heme / electron transport / c-heme / Iron / metal-binding / Oxidoreductase / Transport / Disulfide bond / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jensen, L.M.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In crystallo posttranslational modification within a MauG/pre-methylamine dehydrogenase complex. 著者: Jensen, L.M. / Sanishvili, R. / Davidson, V.L. / Wilmot, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 374.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 299.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 109.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 41146.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 15039.577 Da / 分子数: 2 Fragment: Beta chain of immature methylamine dehydrogenase (preMADH) Mutation: Hydroxylated Trp57 has been converted to the full-quinone form due to hydrogen peroxide-assisted catalysis by MauG in the crystal. 由来タイプ: 組換発現 詳細: Immature MADH (preMADH) was produced in the absence of the mauG gene. Trp57 is monohydroxylated at the C7 position. 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauA / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 42449.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Immature MADH (preMADH) was produced in the absence of the mauG gene. The alpha subunit has the wild-type sequence. 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1277分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
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![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #8: 化合物 | ChemComp-ACT / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.1M MES pH 6.4, 0.1M sodium acetate, 24-30 % w/v PEG 8000; followed by reaction of the crystal with hydrogen peroxide immediately prior to flash cooling., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月17日 / 詳細: BIOMORPH MIRRORS (KIRKPATRICK-BAEZ CONFIGURATION) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 123424 / Num. obs: 120574 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5673 / Χ2: 1.096 / % possible all: 92.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Difference Fourier 開始モデル: 3l4m 解像度: 2.046→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.146 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.883 / SU B: 8.088 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / SU Rfree: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.61 Å2 / Biso mean: 21.828 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.046→38.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.046→2.099 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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