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- PDB-3l4f: Crystal Structure of betaPIX Coiled-Coil Domain and Shank PDZ Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4f
タイトルCrystal Structure of betaPIX Coiled-Coil Domain and Shank PDZ Complex
要素
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 7
  • SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / COILED-COIL / PDZ / Guanine-nucleotide releasing factor / Phosphoprotein / SH3 domain / ANK repeat / Cell junction / Cell membrane / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Synapse / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor binding / determination of affect / negative regulation of microtubule nucleation / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events ...somatostatin receptor binding / determination of affect / negative regulation of microtubule nucleation / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic actin cytoskeleton organization / olfactory behavior / RHOA GTPase cycle / synapse maturation / positive regulation of growth hormone secretion / Neurexins and neuroligins / storage vacuole / astrocyte cell migration / structural constituent of postsynaptic density / negative regulation of actin filament bundle assembly / righting reflex / habituation / vocalization behavior / protein localization to synapse / ankyrin repeat binding / dendritic spine morphogenesis / regulation of AMPA receptor activity / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic spindle pole / Golgi organization / positive regulation of dendritic spine development / social behavior / adult behavior / associative learning / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / Rho protein signal transduction / long-term memory / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / ionotropic glutamate receptor binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GABA-ergic synapse / G protein-coupled receptor binding / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / SH3 domain binding / lamellipodium / signaling receptor complex adaptor activity / growth cone / protein-containing complex assembly / cell cortex / scaffold protein binding / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / neuronal cell body / synapse / dendrite / centrosome / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L1 transposable element, trimerization domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / : / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / PDZ domain 6 ...L1 transposable element, trimerization domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / : / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / PH domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Im, Y.J. / Kang, G.B. / Lee, J.H. / Song, H.E. / Park, K.R. / Kim, E. / Song, W.K. / Park, D. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for asymmetric association of the betaPIX coiled coil and shank PDZ
著者: Im, Y.J. / Kang, G.B. / Lee, J.H. / Park, K.R. / Song, H.E. / Kim, E. / Song, W.K. / Park, D. / Eom, S.H.
履歴
登録2009年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6194
ポリマ－36,6194
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.666, 47.666, 263.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / PAK-interacting exchange factor beta / Beta-Pix


分子量: 7333.420 Da / 分子数: 3 / 断片: The C-terminal coiled-coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: beta1PIX / プラスミド: PET-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55043
#2: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Synamon / Somatostatin receptor-interacting ...Shank1 / GKAP/SAPAP-interacting protein / SPANK-1 / Synamon / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTR-interacting protein / SSTRIP


分子量: 14618.661 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Shank1 / プラスミド: PET-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WV48
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% ETHANOL, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M MES-NAOH, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.91993
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.97964, 0.97945, 0.96500
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年5月25日MIRRORS
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年11月10日MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.919931
20.979641
30.979451
40.9651
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 8808 / Num. obs: 8492 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 103.8 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 821 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 1Q3O

1q3o


解像度: 2.8→41.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 730185.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 400 4.7 %RANDOM
Rwork0.272 ---
obs0.272 8492 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 99.98 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.62 Å216.7 Å20 Å2
2--6.62 Å20 Å2
3----13.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2289 0 0 20 2309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.065 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 58 4.3 %
Rwork0.434 1292 -
obs--93.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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