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万見
- PDB-3l4d: Crystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Lei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4d
タイトルCrystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Leishmania infantum in complex with fluconazole
要素Sterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sterol 14-alpha demethylase / CYP51 / P450 / heme / monooxygenase / endoplasmic reticulum / transmembrane protein / sterol biosynthesis / obtusifoliol / lipids / membrane / Iron
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-TPF / Putative lanosterol 14-alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Lepesheva, G.I. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Substrate Preferences and Catalytic Parameters Determined by Structural Characteristics of Sterol 14{alpha}-Demethylase (CYP51) from Leishmania infantum.
著者: Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Liu, J. / Nes, W.D. / Waterman, M.R. / Lepesheva, G.I.
履歴
登録2009年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol 14-alpha demethylase
B: Sterol 14-alpha demethylase
C: Sterol 14-alpha demethylase
D: Sterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,79513
ポリマ－204,7544
非ポリマー4,0429
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17990 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area70530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.891, 118.509, 100.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Authors state that the biological assembly in the membrane is a transmembrane monomer. In the solution the protein is crystallized as a tetramer.

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要素

#1: タンパク質
Sterol 14-alpha demethylase


分子量: 51188.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: CYP51, LinJ11.1100 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: A2TEF2, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-TPF / 2-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-1,3-DI(1H-1,2,4-TRIAZOL-1-YL)PROPAN-2-OL / FLUCONAZOLE / ALPHA-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-ALPHA-(1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-YLMETHYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-ETHANOL / ELAZOR / TRIFLUCAN / BIOZOLENE / フルコナゾ-ル


分子量: 306.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12F2N6O / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-N8E / 3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL / N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONOOCTYL ETHER / OCTYLPENTAGLYCOL N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / ペンタエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 350.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O6 / コメント: C8E5, 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: TRIS-HCL, PEG 6000, 3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL, FLUCONAZOLE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月5日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 47888 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 87.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.74→2.84 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Rsym value: 0.558 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERfor MR位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3g1q

3g1q


解像度: 2.75→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 47.662 / SU ML: 0.413 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2666 2495 5.1 %RANDOM
Rwork0.21867 ---
obs0.22111 46715 97.55 %-
all-47888 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.942 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20.21 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14189 0 284 61 14534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.02214846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6282.01320115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.56751783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24723.851657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84152587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.36715100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.22160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0171.58947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.896214481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09635899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9684.55634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.818 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 182 -
Rwork0.355 3132 -
obs--89.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2821-1.09740.12342.5210.50692.2048-0.0359-0.1686-0.01570.21490.0055-0.01070.0338-0.03090.03040.3961-0.12140.03830.1005-0.0650.178534.288-25.7043
22.562-0.0609-0.27861.8233-0.5164.29620.08080.08220.26550.189-0.1922-0.36930.14850.94890.11140.20140.0429-0.0470.22610.08730.39165.335-35.302-16.366
32.81061.1926-0.21673.158-0.45325.4380.00040.55340.2093-0.230.12420.4416-0.2841-0.3874-0.12460.4050.0946-0.0160.32010.0810.280238.894-28.504-60.039
43.46960.5503-0.0851.96980.1825.2948-0.04960.2494-0.326-0.17230.10810.16540.9379-0.9762-0.05840.4729-0.3956-0.03960.4051-0.1380.481913.218-46.116-39.494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 476
2X-RAY DIFFRACTION1A481 - 490
3X-RAY DIFFRACTION1A3 - 489
4X-RAY DIFFRACTION2B28 - 476
5X-RAY DIFFRACTION2B481 - 490
6X-RAY DIFFRACTION2B1 - 486
7X-RAY DIFFRACTION3C29 - 476
8X-RAY DIFFRACTION3C1 - 490
9X-RAY DIFFRACTION3C2 - 491
10X-RAY DIFFRACTION4D28 - 476
11X-RAY DIFFRACTION4D481 - 490
12X-RAY DIFFRACTION4D10 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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