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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4b
タイトルCrystal Structure of an Octomeric Two-Subunit TrkA K+ Channel Ring Gating Assembly, TM1088A:TM1088B, from Thermotoga maritima
要素
  • TrkA K+ Channel protein TM1088A
  • TrkA K+ Channel protein TM1088B
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Potassium Channel (カリウムチャネル) / Ring-Gating Complex / TrkA / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion transmembrane transporter activity / nucleotide binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium uptake protein TrkA / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Potassium uptake protein TrkA / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / TrkA K+ Channel protien TM1088A / Trk system potassium uptake protein TrkA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Deller, M.C. / Johnson, H.A. / Miller, M. / Spraggon, G. / Wilson, I.A. / Lesley, S.A. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Octomeric Two-Subunit TrkA K+ Channel Ring Gating Assembly, TM1088A:TM1088B, from Thermotoga maritima
著者: Deller, M.C. / Johnson, H.A. / Miller, M. / Spraggon, G. / Lesley, S.A.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年9月2日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / struct_site
Item: _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor ..._entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrkA K+ Channel protein TM1088A
B: TrkA K+ Channel protein TM1088A
C: TrkA K+ Channel protein TM1088B
D: TrkA K+ Channel protein TM1088B
E: TrkA K+ Channel protein TM1088A
F: TrkA K+ Channel protein TM1088A
G: TrkA K+ Channel protein TM1088B
H: TrkA K+ Channel protein TM1088B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,85913
ポリマ－160,4708
非ポリマー1,3895
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20660 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area56420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.778, 96.778, 305.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31E
41F
12C
22D
32G
42H
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
TrkA K+ Channel protein TM1088A


分子量: 16051.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3KFX7*PLUS
#2: タンパク質
TrkA K+ Channel protein TM1088B


分子量: 24066.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3KFX8*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Magnesium Chloride, 15% PEG 4000, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月29日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→48.39 Å / Num. all: 22866 / Num. obs: 22866 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.45→3.57 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 2G1U

2g1u


解像度: 3.45→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 74.088 / SU ML: 0.559 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.703 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3) STRUCTURE BASED ON HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF INDIVIDUAL COMPONENTS. (4) UNKNOWN ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3) STRUCTURE BASED ON HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF INDIVIDUAL COMPONENTS. (4) UNKNOWN ION MODELLED AS UNX NEXT TO ADENINE MOIETY OF AMP. (5) 12 TLS GROUPS SELECTED ACCORDING TO PROTEIN DOMAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30827 1164 5.1 %RANDOM
Rwork0.25893 ---
all0.26134 21497 --
obs0.26134 21497 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.705 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.3 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8952 0 93 0 9045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0219192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9661.95412588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.35851350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.57724.503302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.32915978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6931532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.53736732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.192510378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69682460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.513112210
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A762tight positional0.030.05
11B762tight positional0.030.05
11E762tight positional0.020.05
11F762tight positional0.020.05
22C1194tight positional0.020.05
22D1194tight positional0.030.05
22G1194tight positional0.020.05
22H1194tight positional0.020.05
11A762tight thermal0.040.5
11B762tight thermal0.040.5
11E762tight thermal0.030.5
11F762tight thermal0.030.5
22C1194tight thermal0.040.5
22D1194tight thermal0.040.5
22G1194tight thermal0.030.5
22H1194tight thermal0.030.5
LS精密化 シェル解像度: 3.45→3.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 84 -
Rwork0.281 1532 -
obs-1532 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.65810.7221-0.372210.84320.26943.8831-0.1179-0.2240.46891.201-0.0620.2854-0.7623-0.20070.17990.35470.11210.05130.26330.00630.1591-18.8822.285836.7588
27.5054-2.2947-1.40065.1375-0.20835.5628-0.03510.046-0.5335-0.3206-0.0887-0.18580.53990.31390.12380.13380.1105-0.00020.13540.01310.12137.864-22.497416.1612
35.5623.45273.302716.29417.8834.81530.1852-0.1061-0.47194.21710.0426-0.94592.06520.6209-0.22781.0910.2789-0.21140.8210.14060.30330.106-12.177930.7982
49.3152-0.58451.31045.2450.446.22250.00410.25380.4881-0.3783-0.04330.0672-0.66020.17730.03920.5107-0.07920.10640.0743-0.03930.32351.486133.924218.7349
52.6311-0.3911-0.90934.82660.20057.31530.03870.1331-0.0686-0.3344-0.2662-0.0454-0.6560.06530.22750.03270.0355-0.07490.17430.01630.0374-16.86311.903719.0757
63.6918-0.84610.0333.42610.51994.7697-0.1881-0.4698-0.21990.42270.29760.1030.35540.2965-0.10950.06930.0580.03870.20370.10170.0432-9.3108-11.265433.3592
72.3131-0.0403-0.6936.10481.48667.58030.19510.08380.0432-0.47160.0072-0.0539-0.10590.3261-0.20230.0468-0.11730.04210.50450.00680.209126.61339.494916.2662
85.5053-1.7559-1.12253.39890.66223.09280.2182-0.6640.37710.53920.0583-0.5537-0.66590.2446-0.27650.4345-0.3072-0.05060.5535-0.12650.179520.90921.575232.7262
95.32042.5351-1.76690.5348-1.440420.6333-0.0685-0.33640.30850.36071.14160.56592.5232-1.5486-1.07310.4993-0.2738-0.32930.60020.1431.6543-36.6427-22.110934.1886
108.12752.45260.85466.6563-1.90819.79510.40640.6879-0.6266-0.7496-0.37220.62470.1727-0.8761-0.03420.22530.0423-0.12250.4616-0.16711.1884-39.263-16.790916.4462
1111.95714.29552.795-1.8788-2.53869.317-0.7926-0.7414-0.35990.4837-0.5635-1.3639-1.42921.51521.3560.734-0.3927-0.08140.9510.01362.000248.962531.403230.7963
1211.233110.2613-5.74489.256-4.885512.2274-0.72981.0698-0.3166-1.35530.0107-2.2397-0.49610.50460.71920.6143-0.30390.45981.1248-0.36442.047148.613128.90113.6492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3E9 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4F8 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 134
9X-RAY DIFFRACTION9C135 - 216
10X-RAY DIFFRACTION10D135 - 216
11X-RAY DIFFRACTION11G135 - 216
12X-RAY DIFFRACTION12H135 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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